“参谋本部”主管台湾军令事务，该部为军事统帅系统，执行“总统”军令，指挥三军。该部置参谋总长一人，副参谋总长兼执行官一人，副参谋总长一至三人。参谋总长统帅三军，为“总统”之幕僚长，“总统”依“宪法”行使统帅权时，作战之指挥直接经由参谋总长下达军队，以副本送知“国防部”；参谋总长在行政系统为“国防部”长之幕僚长，负责对军队建立、编组、装备、训练、保育、运用诸事宜。由于台湾当局长期实行戒严体制，参谋总长直接对“总统”负责，因而架空了“国防部”，成为台湾军事“领袖”。

　　“参谋本部”管辖“陆军总司令部”、“空军总司令部”、“海军总司令部”、 “海岸巡防司令部”、“作战训练司令部”、“总政治作战部”、“联合勤务总司令部”等。下设部长办公室、第一参谋次长室（人事）、第二参谋次长室（情报）、第三参谋次长室（作战）、高级参谋室、人事服务处、国际情报处、福利总处、总务局、联络局、人事行政局、副官局、动员局、新闻局、军事工程局、通信电子局、战地政务局、军医局、军法局、史政编译局、情报局等机构。所属机构有中山科学研究院。

　　参谋总长：

　　陈 诚：1945年12月—1948年5月（陈诚系在国民党政权大陆时期任职）

　　顾祝同：1948年5月—1950年3月

　　周至柔：1950年3月—1954年6月

　　桂永清：1954年6月—1954年8月

　　彭孟缉：1954年8月—1957年6月

　　王叔铭：1957年6月—1959年6月

　　彭孟缉：1959年6月—1965年6月

　　黎玉玺：1965年6月—1967年6月

　　高魁元：1967年6月—1970年6月

　　赖名汤：1970年6月—1976年6月

　　宋长志：1976年6月—1981年11月

　　郝柏村：1981年11月—1989年11月

　　陈 （上焱下木）龄：1989年11月—1991年12月

　　刘和谦：1991年12月—1995年6月

　　罗本立：1995年6月—1998年2月

　　唐 飞：1998年2月—1999年1月

　　汤耀明：1999年1月—2002年

　　李杰：2002年1月

　　副参谋总长兼执行官：

　　马纪壮：1959年7月—1965年2月

　　黎玉玺：1965年2月—1965年6月

　　罗 列 ：1965年6月—1969年7月

　　郑为元：1969年7月—1972年4月

　　王多年：1972年4月—1977年4月

　　郝柏村：1977年4月—1978年6月

　　马安澜：1978年6月—1981年12月

　　乌 钺：1981年12月—1983年5月

　　邹 坚：1983年5月—1986年7月

　　郭汝霖：1986年7月—1988年7月

　　蒋仲苓：1988年7月—1989年12月

　　陈坚高：1989年12月—1991年6月

　　黄幸强：1991年6月—1993年7月

　　罗本立：1993年7月—1995年6月

　　唐 飞：1995年6月—1998年2月