长期以来，日本情报机关在日本的安全体系中占有重要地位。战后，日本建立起来的情报系统非常庞大，且分支繁多，主要情报机关有：内阁情报调查局；军事侦察机关；外务省情报调查厅；总警视厅；法务省保安调查厅；军事反侦察机关；移民厅；海上保安厅。由于机构设置多，各部门力量不足且互不往来，造成日本的情报系统十分分散。日本国家各情报系统的主要情况是：

　　内阁情报调查局。这是是日本国家主导性情报机关，其职责是搜集内阁成员决策特别是政治决策所必需的情报。它由国内情报部门，国外情报部门，与国家其他情报机关、国家机关、私人公司、社会组织的协作部门，与大众媒体的联络部门等机构组成。内阁情报调查局编制员额不多，但其中却有不少外国公民作为间谍为其服务。此外，该局干部还利用外交人员身份掩护其在国外的工作。

　　军事侦察机关。美国国防部情报局的工作经验为日本军事侦察机关的建设和发展奠定了基础。尽管亚太地区和整个世界形势发生了变化，日本军事侦察机关依旧把俄罗斯、中国、朝鲜作为首要的侦察对象。为了获取情报，该机关使用了包括谍报侦察、无线电技术侦察、无线电电子侦察、航天侦察等在内的各种侦察手段。最强大的技术侦察设施部署在北海道，与美军类似手段相配合，共同对俄罗斯的太平洋舰队和远东军区的部队集团实施不间断的侦察。

　　外务省情报调查厅。该情报部门的主要职能是为制订国家的外交方针搜集必要的资料，对其进行分析并形成对外务省领导人的建议。该厅负责处理日本驻外使馆主要通过公开渠道搜集到的情报。

　　总警视厅。总警视厅的任务之一是使用反侦察手段保障国家的安全。直接从事反侦察工作的是总警视厅的保安厅，它由保安局、外国工作局、侦查局三个职能部门组成。反侦察的主要力量集中于首都人口稠密区。全国各行政中心设有类似的部门。

　　法务省保安调查厅。与总警视厅的区别在于：保安调查厅是为保卫国家宪法制度提供反侦察保障。其对象是以日本宪法禁止的方式达到自己目的的极端主义组织、政治急进党和运动。在组织上，保安调查厅类似于总警视厅，包括中央机关和地方部门。该厅工作人员利用日本驻外代表机构和其他手段开展工作。

　　军事反侦察机关。同军事侦察机关一样，日本的军事反侦察机关也是按美军类似机构的模式组建的。包括武装力量各军种司令部在内的各级指挥机关都编有军事反侦察工作人员。他们同美国武装力量驻日诸岛的军事反侦察人员密切合作。

　　移民厅。移民厅是法务省的一个组成部分。除监视公民入境和出境的主要任务外，移民厅还负责搜集侦察与反侦察情报。为此，该厅使用包括专门手段在内的各种方法。获取的情报除本厅业务工作中使用外，还向其他情报机关通报。移民厅对入境外国人的严密监视实际上是对反侦察情报机关工作的有力帮助。

　　海上保安厅。日本是世界上海岸线最长的国家之一。海上保安厅除负责保卫海疆外，还实施海上侦察、监视200海里范围内的渔猎活动、参加海上求援工作。该厅和平时期是运输省的一个组成部分，战时则纳入海军的编成。在完成任务中与国家海军密切协同。海上保安厅由中央机关和11个区域性机构组成，其中最重要的是第一区域性机构，其责任区为北海道和附近诸岛，主要监视萨哈林和南千岛群岛方向。

　　海上保安厅装备500艘军舰和各类快艇，其中有远洋舰、巡察舰、搜索求援舰、海测舰、航行设备维护舰，装备60余架巡逻飞机和直升机。根据远景计划和发展方案，日本拟为海上保安厅部队改装、装备有最先进侦察设备的新型军舰和航天器。总员额控制在1.2万人以内，这里的工作人员全部是在相应的训练中心受过专门培训的志愿兵，且必须在此之前是在海军服役期满的士兵。

　　海上保安厅的主要执勤内容是派同海军和航空兵在指定的地区进行巡逻。此外，该厅在岸上设有雷达站，以严密监视企图靠岸的目标。军舰、飞机、直升机和岸上雷达站之间保持经常性的联络和密切协作。

　　海上保安厅与海军、武装力量情报中心保持联络。必要时，该厅的舰艇——航空兵集团直接接收情报中心的情报，得到海军兵力兵器的支援。为此，在每年举行的日本海军演习中，都演练海上保安厅与海军之间协同的科目。此外，海上保安厅还定期参加美国海军在西太平洋举行的演习。