时下，一些军事媒体将“一体化指挥”与“指挥一体化”混为一谈，互相套用。实际上两者存在本质的区别。

　　指挥模式不同。相较于传统指挥，一体化指挥的一个重要特征就是减少指挥层次，增加指挥跨度，但其最高层次的指令仍然需要经过中间层次的理解、细化、转发，才能到达指挥末端，属于分层式指挥。在作战中无特殊情况，指挥员不会轻易越级下达指令。因而一体化指挥尽管呈现扁平化，但仍然是“金字塔”式指挥模式。在这种模式下，尽管每一层的指挥员指挥对象有限，但由于每一层的递进，处于塔底的间接指挥对象达到成千上万。而指挥一体化强调作战指令下发直接到指挥末端，指挥对象只是“扣扳机的兵”，不需经中间层次的周转，是真正意义上的非分层式直接指挥，各作战实体同处一个信息流动层次，指挥员直接指挥到各个作战实体，因而其指挥模式呈现出以指挥员为圆心，以指挥员到战场上执行任务的最基本作战实体为半径的圆，可称为“平面圆”式指挥模式。在这种模式下，由于受制于人生理能力的限制，指挥员能够指挥的对象非常有限。

　　技术支撑不同。一体化指挥是随着技术的发展提出的概念，本质上是要求利用指挥自动化系统强大的收集、传输、处理信息能力来改变机械化战争时代的指挥体系，以期缩短指挥周期，提高指挥效能。而指挥一体化更多的表现为对指挥结果的描述，在理论上，即使没有先进的指挥器材，只要指挥员能够在同一指挥周期内对需接受指令的最低层作战实体直接下达指令，就做到指挥一体化。

　　指令内容不同。由于一体化指挥是多级分层式指挥，指挥员接到上级指令后需要根据自己的实际情况进行重新理解细化，再下发执行，因而上层指挥员的指令内容的重点是下级部（分）队的作战方针和任务，而不会关注底层作战实体如何行动。对处于底层的作战实体而言，在初始指令未到达终端以前并不清楚自己的任务。而做到了指挥一体化，则其指令内容就会细化到每一个执行任务的底层作战实体，明确其在战场上如何行动，顶层发出的初始指令即底层接受的最终指令，并且作战指令内容做到高度集成，这些内容往往是一次下发而不是分次下发。

　　追求目标不同。由于指挥一体化的指挥是非分层式直接指挥，指挥周期短，指令传输失真小，指挥时效性强，因而其指挥追求目标是“指挥质量”。从作战指挥的发展看，在最初的作战中，双方参战人员有限，局限于“耳闻目视”的战场上，在这一阶段，指挥员通过自己的形态语言，在自觉不自觉中做到了指挥一体化。但随着战争进程的发展，参战人员、战场条件、作战规模、武器装备等均发生了巨大的变化。指挥员只得采取分层式间接指挥，谋求指挥的数量。随着现代作战规模的扩大，指挥层次随之增多，由此带来了指挥周期加长的弊端。特别是到了信息社会，信息化武器装备的运用，双方围绕指挥周期的竞赛日趋加剧。若在指挥周期的竞赛中逊于对方就易在战场上落败，由此一体化指挥就应运而生。从这种意义上讲，一体化指挥的追求目标是“质量与数量的并重”。因而也可以得出，指挥一体化在理论上尽管存在可能性，在实际作战中由于多种原因，也很难实现，指挥一体化只是指挥员的一种追求，而一体化指挥则是指挥员的必然选择。