山本大将的航空母舰遭到灭顶之灾的时候，他正率领主力舰队，在南云舰队后面450海里的洋面上破浪前进。

　　6月4日上午10：30分，“‘赤城’号着火”的电报猛然打破了山本的美梦。这位日本联合舰队总司令一言不发。对20分钟后送来的第二封电报，他也同样保持沉默。

　　这封电报是南云中将打来的，说：“由于遭到中途岛基地和敌人航空母舰飞机的袭击，‘加贺’、‘苍龙’和‘赤城’三舰全身起火。我们正向北撤退，并重新组织力量。”这份电报暗示，幸免于难的“飞龙”号将进行反击。

　　山本表面上显得很镇定。他若无其事的与经常陪他下棋的渡边安次中佐下棋。后来再有消息传来，他也只是淡淡地说：“哦，是这样。”

　　直到收到首次报告的90分钟后，他才命令让运输舰后撤，而让佯攻荷兰港的两艘轻型航空母舰继续前进，开往中途岛援助南云。他自己的强大主力，仍然全速向东行驶。掩护运输舰的近藤信作中将，则把他的舰队，包括“瑞风”号航空母舰，从南改道向北。

　　这三支强大的增援力量，从三个方向朝中途岛聚集。山本大将仍然要同美军决一死战。

　　他的感情要求他率领全部舰只继续前进，将巨大的炮口对准中途岛，对准美国军舰，狠狠地报复。

　　现在夜幕已经降临，他的主力舰队正被迷雾团团围住，但是他还是命令舰队以20节的速度冒险向前急驶。海面蒙胧，能见度几乎降到零，舰只随时都有碰撞的危险。

　　山本的心境并不平静。他虽然率领着他的火力猛烈的大型战列舰向战场逼近，但他的内心已经无数遍地审时度势。他不得不痛苦地暗自承认，这次战役已告失败。

　　他的4艘航空母舰全部毁灭，而美国人还有2艘航空母舰，正在伺机进攻他的舰队。中途岛还远未被征服。面对这种情况，山本作为一个极为精明的海战行家，心里很清楚，他的战列舰一旦遇到俯冲轰炸机和鱼雷机的进攻，连招架的能力都没有。珍珠港事件和英国“威尔士亲王”号战列舰在马来亚洋面的覆灭，都证实了这一点。日本飞机怎样击沉敌人的战列舰，美国飞机也就能怎样回敬日本的战列舰。

　　山本一度打算从阿留申群岛调回两艘小型航空母舰来中途岛。但是浓雾在阿留申群岛周围滞留不散。那些战舰要赶到中途岛，至少要花三天时间。到那时，要挽回这场日本帝国海军的灾难，已为时太晚。

　　6月5日凌晨2：55分，日本联合舰队司令山本大将终于痛苦地下令：“取消中途岛的占领行动。”

　　他也需要一些谎言。他电告舰队所有指挥官：“敌人舰队几乎已遭全军覆没，正在向东败退……”这个弥天大谎，突出地显示了他不敢公开承认失败的苦衷。

　　他的将军们问山本：“我们一败至此，该如何向天皇陛下请罪呢？”

　　山本铁青着脸，说：“要向天皇陛下请罪的只有我山本一个人。”

　　历史上规模空前的海空大战，到此宣告结束。

　　美国方面损失了一艘航空母舰，一艘驱逐舰，307名官兵和147架飞机。

　　日本方面付出了惨重的代价：4艘航空母舰和1艘巡洋舰被炸沉。180架飞机随同航空母舰沉入大海；另有54架飞机被击落；大约2500名官兵，包括几百名经验丰富，身经百战的飞行和机务人员葬身大海。联合舰队从此一厥不振，再也无力发动大规模的海空作战。从珍珠港事件后日本人一直拥有的太平洋战区的战略主动权，也就拱手交出了。

　　对日本海军来说，更严重的，是他们妄自尊大的自信遭到了无情的打击。中途岛战役之后，直到第二次大战结束，这一打击使他们再也无法对战局作出正确的判断。