台北地检部门8月3日宣布侦查结束，被提起公诉的16人分别是“倒扁总部”总指挥施明德、副总指挥简锡堦、沈智慧、王丽萍、张富忠、李永萍、罗淑蕾，以及律师团召集人魏千峰，发言人范可钦、盛治仁等。
起诉书指出，施明德等人去年8月11日发起“百万人倒扁行动”，成立“反贪腐倒扁总部”，9月底决定发起“天下围攻”行动。
施明德、简锡堦等16位首谋，10月10日召集群众在管制区周边道路，违法集会、游行，“意图滋扰双十典礼”。11月3日，因陈水扁妻子吴淑珍涉嫌“国务机要费”案被起诉，施明德等5人又以“反贪腐、罢免"总统"”为由，在台北火车站抗议集会。11月29日，林正杰、姚立明等人同样以“倒扁”的名义在火车站抗议集会，因而涉嫌违反“集会游行法”。
首位被告施明德因为肝癌复发，正在养病中。得知被民进党当局起诉，这位民进党前主席表示，“很了不起”，案件开审时，他绝对不会请假，一审如果判决有罪，也不会上诉。“我们一定会在法庭里，清清楚楚宣扬我们的理念，为何有百万人民会上来，就是因为反贪腐！”他说，虽然自知人生时间有限，但他很有信心，一定会等到陈水扁被判刑的那一天。
施明德说，民进党执政前，一直主张废除“集会游行法”，但民进党执政7年了，恶法非但没有废除，还被拿来对付民众。而“反贪倒扁运动”过程和平，没有流一滴血，和平落幕，却遭到秋后算账，“连一位盲人郑龙水都被起诉，实在太过荒谬！”
东吴大学政治系教授盛治仁是16名被告之一，他表示，虽然对被起诉感到难过，但也觉得很光荣，后续将会依法律程序捍卫个人清白与权益。
“检察官给了机会让"红衫军"再出发！”在“倒扁总部”召开的记者会上，被告之一、“倒扁总部”发言人范可钦表示，今年10月10日不排除“红潮再现”。同时，他也透露，“红衫军”可能转成政团组织投入“立委”选举，争取不分区的席次，但施明德绝对不会在不分区名单之列。
与16名“红衫军”领袖一起被起诉的还有无党籍“立委”高金素梅。去年6月25日，她在“立法院”前聚众发表“倒扁”演说，并率群众高喊“阿扁下台”，这次也被以违反“集会游行法”罪起诉。闻讯后，高金素梅表示，率众高喊“阿扁下台”是是非问题，明知违法也不后悔，她开庭时一定会将心中是非、黑白、对错讲清楚。
岛内《中国时报》就此事发表社论指出，号称百万红衫群众要求阿扁下台的场景原似风流云散，因为这项起诉而又唤起了人们的鲜活记忆。社论说，去年渴望民主清明的群众上街质疑扁贪腐，促其负起政治、法律责任，“总统”撑起刑事豁免以及“国家机密”特权保护大伞，召唤大法官提供有利的“宪法”解释，法律乃至司法机关都对他莫可奈何。如今陈水扁依旧在政治上呼风唤雨，反而是召唤政治廉耻的民间异议人士纷纷遭到起诉，甚至还有身陷囹圄的威胁。
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