北京同仁医院
眼科中心
地位眼科中心设立眼科临床部、眼科研究所、防盲指导办公室（WHO防盲合作中心）、眼库（国际眼库协会会员）和视光学系，是国家重点学科、国家生命科学人才培养基地、北京市高新技术重点实验室，也是首都医科大学北京眼科学院所在地。临床部下设白内障、青光眼、眼底病、角膜病、眼外伤整形、眼肌斜弱视、眼眶病、眼肿瘤、眼中医和眼屈光等9个专业及4个分支。研究所下设基础部、应用基础部、行政部和防盲研究室以及眼科分子生物、眼科遗传病、眼科细胞生物学与细胞移植、眼科药理、眼科病理等6个专业实验室。
实力眼科中心在眼底病、难治性青光眼、复合性眼外伤、角膜移植、准分子激光角膜屈光矫正手术、白内障人工晶体植入、激光诊疗、防盲指导、低视力研究等方面居国内领先地位，某些领域达到国际先进水平。如：开展了激光乳化白内障摘除及超小切口人工晶体植入术、d：YAG激光治疗视网膜分支动脉阻塞、ICU可调节人工晶体的临床应用、角膜基质环植入术矫正屈光不正、玻璃体视网膜手术切除脉络膜黑色素瘤、光动力学治疗脉络膜新生血管、经瞳孔激光温热疗法治疗眼底新生血管性及肿瘤性疾病、联合玻璃体手术治疗难治性青光眼等新手术近30项。同时中心还承担着多项国家级继续教育项目。此外中心依靠眼科的先进技术，凭借同仁医院的综合实力，与相关学科合作发展边缘学科、交叉学科，在神经眼科学、创伤眼科与眼外伤以及鼻眼相关疾病、颌面外科与眼科等领域形成了特色。
耳鼻咽喉头颈外科中心
地位耳鼻咽喉头颈外科中心是国家重点学科、国家生命科学人才培养基地，耳鼻咽喉头颈科学试验室是省部共建教育部实验室，是首都医科大学北京耳鼻咽喉科学院所在地。下设临床部和基础部。基础部即北京市耳鼻咽喉科研究所，设3个部门10多个研究室。临床部规划了5个三级学科（亚科）、九个临床中心的新布局，即：耳神经外科学、耳显微外科学、鼻外科学、咽喉外科学、头颈外科学及鼻内窥镜诊疗中心、鼻眼相关疾病诊疗中心、呼吸睡眠监测中心、临床听力学中心、嗓音中心、人工电子耳蜗中心、变应性鼻炎诊断治疗中心、头颈肿瘤综合诊治中心和北京市耳鼻咽喉科疾病会诊中心。
实力在临床治疗方面，创新性地提出了腭帆间隙概念及保留悬雍垂的改良腭咽成形术式，显著提高睡眠呼吸暂停综合征的手术效果；在国内率先开展的早期喉癌与癌前病变二氧化碳激光治疗，开创了国内头颈部肿瘤基因治疗临床实验的先河；鼻内镜外科技术治疗慢性鼻窦炎、鼻息肉，此技术在鼻外科具有划时代的意义；呼吸道纤毛摆动调控机制、虚拟人体解剖、计算机辅助微创手术等研究已进入国际先进水平的行列；外中耳畸形的耳廓再造与听力重建同步手术、慢性化脓性中耳炎的病变根治与听力重建同步手术治疗水平继续国内领先。近几年集中更多科研力量深入研究感音神经性耳聋发病机理、开展人工耳蜗植入手术、进行系统听力学评估和听力康复治疗，并形成团队优势。
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