7月26日，国民党举行党主席暨党代表选举。晚上8时30分左右选举结果揭晓，国民党主席唯一候选人马英九得票率93.87%，高票当选。马英九在竞选办事处庆功，发表简短的当选感言与党务改革理念。

　　除选党主席，26日国民党也要选出第十八次全体党员代表大会代表共1171人。

　　得票率高于幕僚预测

　　25日，马英九利用最后一天全力冲刺。上午前往台东、花莲举行政策说明会，晚上则赶回台北市，出席党主席选举的最后一场政见说明会，全力总动员，希望冲高得票率。国民党中央同日也特别在媒体上刊登半版广告，以“为党做主”作为诉求，希望党员26日踊跃投票，强力拉抬党主席与党代表选举的投票率。

　　26日，马英九一早前往台北市静心小学投票。投票时，马英九呼吁党员积极投票，他表示得票高低不重要，出来参选是为了承担责任，不是扩大权力、更不是测试人气。投票过程中，有岛内媒体追问，当选后中共方面是否会有“党对党”的祝贺？马英九表示，4年前自己首度当选党主席时，对岸有发贺电，相信这次也会有，自己也会回复。

　　26日当天，国民党高层也悉数出动。国民党现任党主席吴伯雄一早先陪马英九投票后，自己再前往党籍所在地完成投票。其他包括连战、萧万长、刘兆玄、王金平等蓝营政要也纷纷出来投票。

　　对此，有岛内媒体分析指出，回顾国民党过去几次主席选举，当选人都有较高的得票率。连战2001年拿下近98%的得票率；马英九2005年获得71.5%的选票；吴伯雄2007年拿下86.97%的得票率。因此，马英九竞选办事处选前就表示，这次主席选举以八成得票率为目标。马英九竞选幕僚则希望得票率“保八”，并上看“九成”。马英九以及国民党全力拼选票，最终得票率高于马幕僚预期。

　　当选后面临的考验

　　当选后，马英九将于9月12日在国民党第十八次全体党员代表大会上，从现任党主席吴伯雄手中接任党主席。

　　马英九已确定成为新任国民党主席。对此，有岛内媒体发表评论指出，党主席选举并不艰难，真正的考验在接任党主席之后。文章具体分析说，兼任党魁，马英九宣称他会立刻改革国民党。那么，未来必须要做的是党务改革与世代交替。4年前首次参选党主席，他曾喊出同样诉求，这次又打出原主张，除了展现马英九一直想贯彻的意志，也是对旧势力的再挑战。不过，被称为“不沾锅”的马英九，接任党主席后，对纠结不清的地方派系、“立法院”系统无法有效整合等老毛病，真的准备好大刀阔斧改革、并承受可能付出的代价了吗？

　　文章还进一步分析指出，马英九坐稳党魁之后，未来“行政、立法”事权统一，权力集中，同时也意味着，施政成败不再是“行政院长”之责，马英九得一肩扛起，没有闪躲空间。所以，对马英九而言，“考验，现在才刚开始而已”。