具体表现就是，受地方保护主义的影响，一些法院和检察院往往只是在维护地方的根本利益—那些影响本地稳定和发展的“难事儿”、“烦事儿”上选择性执法，或者难以摆脱地方政府的干扰，如在征地拆迁等比较敏感的问题上受到不当干预，沦落为一些地方党委、政府追求短期利益、捞取个人政绩的工具。
“人财物省级统一管理”之后，对于基层法院、检察院最为棘手的问题，是如何看待地方党委的领导，以及地方司法机关在地方工作格局中处于什么地位、担当什么角色。省级统管的目的是要排除地方干预个案，并没有否定党的政治领导、组织领导和政策领导，也不意味着不需要地方政法委协调工作机制、财务保障等方面的问题了。
第三轮司法改革一个基本精神是，司法机关不是隶属地方的行政机关，履行法定职责是其中心任务，社会功能是法院、检察院行使法定职权过程中的辐射效果，依法履职公正执法，就是对地方区域经济社会发展的最大贡献。
今年北京等一些省市“两院”向人大的报告中，没有提及独立行使职权的问题，人大代表审议和讨论报告时更关注的是两院是否依法行使职权，比如在维护社会稳定、严厉打击某类刑事犯罪的问题，建议明确加上“依法”作为限定和强调。这似乎表明，独立与否只是司法机关自身最关注的问题，社会对司法的形象期待仍不过是青天大老爷，为社会主持公道。然而，省级统管等司改方案要强化的是司法自身的属性，而非其社会功能，司法机关要发挥社会功能必须紧紧依托法定职责，实现二者的有机结合，否则司法本身的改革很可能将司法推向莫名之地。
走出司法地方化
司法改革推进过慢时，很多人抱怨、批判司法地方化，认其为中国当代司法体制的一大病灶。而当步子迈开，提出推进人财物省级统管，要重新分配利益时，很多人又开始恐惧起来。因为，虽宪法以根本法的形式确立了一府两院平行的地位，但是各级党委、政府甚至法院、检察院自身对司法地方化始终存在观念认同。由于司法行政机关领导干部的管理实行“双重管理，以地方党委为主”的体制，各级党委和政府往往将法院、检察院视为所属自己的一个部门，并且自上而下都有这种认识。
在司法机关方面，现有干部管理和财政体制下，法官、检察官由地方任免，经费主要由地方保障，一些法院、检察院倾向于“地方司法机关”的地位认同，一些法官、检察官倾向于“地方官员”或“地方公务员”的身份认同，认为服务大局就是为地方党委、政府分忧，要“有为”才能“有位”。这种惯性思维，目前还有较大范围的市场。此外也有个人利益的考虑，经费保障的地方化导致了地区差异，那些保障问题解决较好的地区的司法人员担心省级统管后会造成待遇降低，住房、子女入学等方面的优待政策更难争取，不愿意改变财政保障体制。
当然，之所以说司法地方化的现实存在某种程度上成为法治进步的障碍，是因为当地方意识过强时，地方利益成为发展和维护的中心，如何独立行使司法权就成了大问题。受到地方化意识的影响，也存在执法标准的地方化问题，更多地强调地方特点和地方特色，有时表现出法令不通、政令不畅的问题，法令的落实有司法解释依赖、地方规章或规定依赖，甚至有的地方出于地方保护主义、部门保护主义，片面理解和强调“发展是第一要务”、“稳定是第一责任”，干涉或运用手中的权力施加压力影响法院、检察院办案。当地方权力缺少足以与之抗衡的权力制约时，人们的权利就会失去保障，严重影响司法公正，这也是造成一些冤假错案的重要因素之一。
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