（一）办公室

　　负责本机关政务工作；负责公文处理、信息、议案、建议、提案和信访、档案、保密、接待联络工作，以及重要会议的组织工作；负责重要文件和会议决定事项的督查工作；负责重大环境污染事故和环境污染纠纷情况通报工作；负责本机关住房制度改革工作。

　　（二）法制处

　　组织起草有关环境保护方面的地方性法规、规章草案；拟订污染物排放地方标准和国家规定项目外的地方环境质量标准，对本部门制定的规范性文件进行合法性审核；负责行政执法监督工作；调查研究本市环境保护有关法律、法规、规章和政策的执行情况；承办本机关行政复议、行政赔偿条件和行政诉讼的应诉代理工作；组织行政处理听证工作。

　　（三）综合规划处

　　组织拟订本市环境保护规划和年度计划；负责本市环境政策研究；负责环境保护统计工作，管理环境信息网络；拟订并监督实施本市污染物排放总量控制计划和绿色工程计划；组织编制本市环境状况公报；组织发布大气、水以及重点地区、重点流域环境质量状况；参与本市可持续发展战略研究，协调组织实施城市环境综合整治定量考核；承办北京市环境保护委员会的日常工作。

　　（四）科技外经处

　　组织协调环境保护科学研究和技术引进；组织环境保护重大科技攻关和技术示范工程推广；管理环境保护科技成果；管理环境标志认证和组织实施环境保护资质认可制度；参与本市环境保护产业发展规划研究；管理本市环境保护系统对外经济合作；承办涉外环境污染处理工作和涉外环境保护事务。

　　（五）污染控制处

　　负责起草噪声、固体废物、有毒化学品、光污染、热污染方面的地方性法规、规章草案，并监督实施；组织拟订噪声、固体废物、有毒化学废物污染防治规划及专项计划；组织实施污染物排放总量削减计划及排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理和达标排放、危险废物经营许可、有毒化学品进出口登记等工作；对全市污染物排放实施统一监督控制，对各类污染源实施统一监督管理。

　　负责起草大气污染防治方面的地方性法规、规章草案；负责本市大气环境现状和发展趋势研究；组织拟订大气污染防治规划、年度计划并提出大气污染控制阶段性目标和对策；对本市煤烟型污染防治、尘污染防治、机动车排气污染防治等实施统一监督管理。

　　（七）水环境管理处

　　负责起草水污染防治方面的地方性法规、规章草案；负责本市水环境现状和发展趋势研究；组织拟订水污染防治规划和年度计划、饮用水源及重点流域污染防治目标和对策，并监督实施；对本市地下和地表饮用水源水质、地下水和河湖水系水质、污水处理厂出水水质实施统一监督管理。

　　（八）建设项目监督处

　　负责起草本市开发建设活动环境影响评价和建设项目主体工程与环境保护设施必须同时设计、同时施工、同时投产使用方面的地方性法规、规章草案和政策，并监督实施；指导和协调解决各区县、各部门以及跨区域、跨流域的重大环境问题。

　　（九）自然生态保护处

　　负责起草自然生态保护方面的地方性法规、规章草案，并监督实施；组织拟订生物多样性保护计划；组织编制本市自然保护区规划；审核新建市级自然保护区，并参与监督管理自然保护区以及风景名胜区、森林公园的环境保护工作；指导和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化防治工作；管理生物技术环境安全；监督农村生态环境保护工作；调查处理重大生态破坏事件，指导全市生态示范区和生态农业建设；对辖区内自然生态建设活动实施统一监督管理。

　　（十）计划财务处

　　负责编制环保资金年度使用计划，负责依法征收排污费并监督使用；负责管理使用有关环保资金及贷款；负责本机关和系统财务、物价、国有资产、住房公积金管理及审计工作。

　　（十一）人事处

　　负责本机关的人事管理工作；指导直属单位的人事管理工作。