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美国总统对美军的行政领导是通过国防部所属的陆、海、空三军种部实施的。各军种部是掌握本军种政策、指挥、行政及后勤事务的首脑机关，但不负责作战指挥。各军种部长负责本军种部的一切事务，目标是：建立一支现代化军队，建立充分的人力和物力储备，为战争作好准备。
*各军种部长办公厅
部长办公厅由副部长、助理部长或帮办、审计长、监察长和法律总顾问等人及一些直属办公室和部长指派的其他官员组成。
*陆、空军参谋部海军作战部海军陆战队司令部
陆、空军参谋部、海军作战部由三部分组成，即参谋长/作战部长、他们的主要助手和直属参谋部门。陆、空军参谋部、海军作战部分别是本军种部长的军事参谋部门与办事机构；陆、空军参谋长和海军作战部长是本军种的最高军事长官，作为本军种部长的主要军事顾问和执行官协助本军种部长处理本军种的军务，包括本军种的兵员招募、组织、补给、装备、训练、勤务、动员、退伍、行政管理和部队维系等工作。
海军陆战队司令部直属海军部长领导，是海军部长在陆战队事务上的办事机构。陆战队司令是陆战队的最高军事长官，作为海军部长的军事顾问和执行官协助海军部长处理陆战队的军务。
*各军种部的下属司令部
各军种部长通过参谋长/作战部长、陆战队司令领导本军种的下属司令部。
（一）陆军部及陆军参谋部的下属司令部
陆军器材司令部、陆军训练与条令司令部、陆军信息系统司令部、陆军情报与保密司令部、陆军卫生部、军事交通管理司令部、陆军工程兵司令部，它们均只负责管理陆军部队某一方面的事务，如后勤、各种作战和勤务支援、制定条令条例等等，不直接控制陆军作战部队。
陆军部队司令部、陆军特种作战司令部、南方陆军司令部、太平洋陆军司令部、华盛顿军区、第8集团军司令部、驻日陆军司令部，驻欧洲陆军司令部，负责领导和管理所属部队，在行政上受陆军参谋长领导，在作战上则受所在的联合司令部与特种司令部指挥。
（二）海军部及海军作战部的下属司令部
海军航空、海上、航天与海战、供应、设施工程5个系统司令部，计算机与电信司令部、国家海上情报中心、法律勤务司令部、保密大队司令部、航天司令部、调查勤务司令部、教育与训练司令部、海洋研究司令部、条令司令部、战略系统规划局、检查和调查局、人事局、医药与军医局等，他们只负责管理海军的某一类事务，不直接控制部队。
太平洋舰队司令部、大西洋舰队司令部、驻欧洲海军部队、中央总部海军部队、海军特种作战司令部、军事海运司令部、水雷作战司令部、海军后备队司令部、作战鉴定与实验司令部，负责领导和管理所属部队，在行政上受海军作战部长的领导，在作战指挥上则受所在联合司令部与特种司令部指挥。
（三）海军陆战队司令部的下属司令部
陆战队作战理论研究司令部、研究、发展与采办司令部、陆战队空陆战斗中心，只负责陆战队的某一类军事事务，不直接控制部队。
太平洋陆战队司令部、大西洋陆战队司令部、第1、2、3陆战队远征部队司令部，负责领导和管理所属部队；在行政上由海军陆战队司令负责，在作战指挥上，一般配属给海军作战部队，由两洋舰队司令指挥。
（四）空军部及空军参谋部的下属司令部
空军后勤司令部、空军系统司令部、空军训练司令部、空军情报司令部，空军航天司令部、特种作战司令部、战术空军司令部、战略空军司令部、军事空运司令部、驻欧空军司令部、太平洋空军司令部。
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