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美军的作战指挥系统分为国家级军事指挥系统和联合司令部与特种司令部（又称战区级）指挥系统。这些作战指挥系统的指挥序列是：总统-国防部长-参谋长联席会议-各联合司令部-联合司令部与特种司令部下辖的各军种的作战部队。
*国家级军事指挥系统
美国国家级军事指挥系统由总统、国家安全委员会、国防部长和参谋长联席会议组成。
*联合司令部与特种司令部指挥系统
联合司令部与特种司令部是美军高级作战指挥机构，根据总统的指令设立，隶属于参谋长联席会议，并就完成受领的任务向国防部长负责。联合司令部通常按战区划分，由2个以上军种组成；特种司令部通常按专业职能划分，由单一军种组成。目前美军设有欧洲总部、大西洋总部、南方总部、太平洋总部、中央总部、航天司令部、特种作战司令部、运输司令部和战略司令部。
（一）欧洲总部
成立于1947年3月，司令部设在德国司图加特，以陆军为主。辖有驻欧陆军及第7集团军司令部、驻欧海军司令部、驻欧空军司令部和驻欧特种作战司令部。辖区包括西欧各国、地中海、土耳其、叙利亚、黎巴嫩、以色列及非洲（东北非除外）地区。该总部司令还兼任北约欧洲盟军最高司令部司令。
（二）大西洋总部
成立于1947年12月司令部设在美国弗吉尼亚州诺福克，以海军为主。辖有大西洋舰队司令部、大西洋陆军司令部和空军司令部及大西洋特种作战司令部，驻亚速尔群岛美军司令部、驻冰岛美军防御司令部等下级联合司令部。辖区包括整个大西洋和加勒比海水域。该总部司令兼任大西洋盟军最高司令部司令。
（三）南方总部
辖有陆、海、空军3个司令部。辖区包括整个拉丁美洲（墨西哥除外）。
（四）太平洋总部
成立于1947年1月，司令部设在夏威夷瓦胡岛史密斯营地，以海军部队为主。辖有太平洋舰队司令部、太平洋空军司令部、太平洋陆军司令部及太平洋特种作战司令部、驻韩美军司令部、驻日美军司令部和阿拉斯加司令部等下级联合司令部。辖区包括东自美国西海岸、西到非洲东海岸、北到北极、南到南极的广大海域和部分陆区。
（五）中央总部
辖有中央陆军司令部、中央海军司令部、中央空军司令部、中央陆战队司令部及中央特种作战司令部和中东联合特遣部队司令部等下级司令部。辖区东起阿富汗、巴基斯坦，西至埃及，南起肯尼亚，北抵伊朗和伊拉克，以及红海、波斯湾两个海域。
（六）航天司令部
下辖空、海和陆军三个航天司令部，负责对各军种航空、航天和弹道导弹防御作战实施统一指挥。
（七）特种作战司令部
下辖陆、海、空三个军种的特种作战司令部，下级联合司令部有太平洋、大西洋、欧洲和中央4个特种作战司令部，所属部队共46000名现役和预备役人员。
（八）运输司令部
下辖空军军事空运司令部、海军军事海运司令部和陆军军事交通管理司令部。
（九）战略司令部
统管陆基、空基和海上战略核力量，专门负责慑止核战争、制定核战争计划和实施核战争。在进入核戒备、爆发核战争等非常时期，拥有对海军潜射弹道导弹系统、空军陆基洲际弹道导弹、空中发射的巡航导弹和核炸弹，以及有关人员实施作战指挥的权力。
此外，还有一个部队司令部，任务是统管本土陆军现役部队和后备役部队，保卫美国本土和北美洲的安全。
*核大战指挥系统
美国的战略核袭击力量分为洲际弹道导弹部队、战略轰炸机部队和导弹核潜艇部队，称为"三位一体"的战略核袭击力量。为了对3种核袭击力量统一使用和集中指挥，美国于1960年8月在参谋长联席会议中设立了"联合战略目标参谋部"，其职能由战略司令部承担。职责是：选定战略核攻击目标，排列打击目标的次序，确定攻击各目标的兵力，拟定战略核袭击部队的统一作战计划。
*本土防空作战指挥系统
*联军作战指挥系统
美军与盟军联合作战时，由参谋长联席会议通过各个军事条约组织或美国军事顾问团实施指挥，通常设联合司令部，司令一般由美国军官担任。
（一）北大西洋公约组织的联合作战指挥系统
北约组织下设防务计划委员会，是北约组织诸国的最高防务直辖市机构，美国国防部长是其成员之一；防务计划委员会下设军事委员会，协调和组织北约各国的军事事务，美国参谋长联席会议派有常驻代表；国际军事参谋部是军事委员会的参谋和执行机关，它下辖2个联合司令部；欧洲盟军司令部，司令由美军欧洲总部司令兼任；大西洋盟军最高司令部，司令由美军大西洋总部司令兼任。其中欧洲盟军最高司令部还设有3个下级联合司令部：西北欧盟军司令部、中欧盟军司令部和南欧盟军司令部。这些联合司令部分别对所属联合部队实施作战指挥。
（二）美、韩联合作战指挥系统
美、韩设有联合司令部，司令由驻韩美军第8集团军司令兼任，下辖海军司令部（司令由韩国海军参谋长兼任）、空军司令部（司令由美驻韩第314师师长兼任）和陆军司令部（司令由美驻韩第8集团军司令兼任）三个下级联合司令部，分别对所属海军、空军、陆军部队实施作战指挥。
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