就目前的机构设置现状来看，乡镇财政所很特殊。随着事业单位改革，这种特殊性会完成消除，财政所和其他乡镇事业单位统一推行综合改革，承担社会服务职能，直接由乡镇党委政府直接领导，没有什么两样。
乡镇财政所在全国各地的设置，不仅相同。作为乡镇的“七站八所”之一，乡镇财政所是乡镇的事业单位，而且职能逐渐弱化。可是，在实际机构设置中，乡镇财政所不仅成了县区财政局的直属机构，不再由乡镇领导。而且有的地方还成了派出机构，直接使用行政编制，为公务员身份。
就目前的机构设置现状来看，乡镇财政所按规定设置在乡镇层级的，由乡镇党委政府直接领导，是乡镇所属普通事业单位，不参公。如果设置为县区财政局直属事业单位的，由县区财政局直接管理，同时接受乡镇党委政府双重领导，有的甚至过渡为参公管理，人员为参公公务员。如果设置为县区财政局派出机构，和县区财政局机关性质一样，派出机构职能性质和主体机关一样同为行政，使用行政编制，工作人员为公务员身份。孰对孰错不去评论，这种乱象肯定要解决。
在事业单位改革中，乡镇机构有两个改革特点：一是实行综合改革，打乱以前的行业领域分类，改变“七站八所”的混乱局面，按职能整合成立执法中心、政务服务中心、社会事务综合服务中心之类，或者是农业服务中心。不再要求乡镇事业机构对应县局一一对应，成立各自相应的机构，导致有的事业单位只有两三个人员和编制。而是可以一对多，由一个机构，对应多个县局，统一行使职能。
另一个是统筹管理。乡镇机关和事业单位由乡镇党委、政府统一领导，统筹管理。改变过去县局和乡镇“双重领导”，一些乡镇事业单位由县局直接发放工资、进行人员管理，“七站八所”有成立分局的，有成立县局派出机构的，有成立县局内设机构的，导致乡镇工作力量削弱，党委政府指挥不动，影响乡镇工作进展。改革后，乡镇机关和事业单位，统一由乡镇党委政府直接管理，统一指挥，县局只负责业务指导，不再是“双重领导”，也不再由县局直接指挥乡镇事业人员。
乡镇财政所也不例外，其承担的职能分别整合到执法、政务服务、综合服务中心，由不同的机构承担不同的服务职能，统一为乡镇普通事业单位、事业人员，由乡镇统一领导，统筹管理。
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