1. STRING
STRING想必大家都不陌生，经典蛋白互作网络构建数据库，科研必备。目前版本v11.5，不过包含新基因组、数据源和方法的v12.0即将推出，有兴趣的也可以去测试体验下。
点击首页SEARCH进入检索页，可在左侧栏目中选择检索方式，如按单个蛋白检索，输入蛋白名和物种，点击SEARCH即可。这里以TP53为例：
Continue后可以得到与TP53相关的互作网络。玻璃珠可以任意拖拽，点击图中珠子或对应连线可以查看蛋白详细信息及互作Evidence。
回到检索页，左侧选择第二栏Multiple proteins，输入多个目标蛋白继续SEARCH可以探索多个目标蛋白间的互作关系。
如下，得到了目标蛋白间的PPI网络。
点击网络图下方各个模块，可获得更多维度信息数据。点击Exports可导出网络图表或节点边线信息表格。支持导入Cytoscape绘制更个性化的互作网络图，详情可戳往期。
数据库链接：https://cn.string-db.org/
教程链接：
《如何进行基因、蛋白互作网络分析？》
2. GeneMANIA
GeneMANIA是一个可轻松获得优质PPI网络图的交互化网站。用户给定单个或多个查询基因后，即可生成互作关系网络。目前支持9个物种，数据收集来自GEO、BioGRID、IRefIndex、I2D以及生物体特定的功能基因组学等大型、公开可用生物数据集。
操作easy，在左上角栏目中选择对应物种、输入目标基因ID，单基因和多基因查询都支持。这里仍以TP53为例。
Search后即可获得互作网络图，如下。将光标放在某个节点上，会着重强调仅与其关联互作的其它节点和连线，点击节点会显示该基因的简介。
展开右侧面板可自定义网络图连线来源，如物理互作、共表达、遗传互作、共定位、富集通路、网站预测等，边线颜色和条目一一对应。
单击连线，会显示文献支持，点击可跳转对应文献PubMed页。
三种网络图布局样式可按个人喜好选择：
（样式1—同心二分）
（样式2—线性二分）
样式3的布局若不满意，可以反复点击尝试，每次都会生成新布局样式。
（样式3—力导向）
此外，点击左下方饼状图标，可按功能注释为网络节点着色。最多可自选7种。
多基因查询方法相同。
同样支持导入cytoscape绘图，或者直接通过 Cytoscape 应用程序访问。相关算法或可自行阅读文献。
网站链接：http://genemania.org/
3. Hitpredict
HitPredict是一个实验确定的蛋白质相互作用与可靠性评分的综合资源网站。相关数据收集自IntAct、BioGRID、MINT、DIP、MatrixDB、InnateDB等数据库，可靠性评分根据每个相互作用的实验以及相互作用蛋白质的序列、结构和功能注释等进行计算。
最新版上线时间是本月（2023年7月18日），非常新！在该版中支持124个物种、112,090个蛋白质以及1,275,391个实验鉴定物理蛋白互作关系。
在首页搜索栏中选择对应物种，输入蛋白名直接Search，这里以MDM2为例。
检索后页面左侧会显示该蛋白的基本信息、预测的互作蛋白数（Interactions）以及Top5的GO Terms。
PS：右侧方框内应该是显示网络图的，不知道是网站原因还是个人网络原因这里没显示出来orz。
页面下方下滑可查看详细的互作预测结果表，支持下载。每行为一个互作蛋白，支持的实验数、实验规模、互作评分、置信度等都在表格中详细展示，按照评分高低进行排序。
点击表格对应的Interaction编号，即可跳转详细的互作详细信息页面。如下图，在该页面中包含两个互作蛋白的详细信息，三个可参考的互作评分（方法评分、注释评分、互作评分），以及这三个评分对应的相关支持。如方法评分支持中包含Pubmed ID，对应了各实验论证文献，可点击跳转。
最下方的Homologous interactions中，黄色为两个互作蛋白，不同物种的同系物在下方按对齐位置进行定位，颜色表示相似度得分。
数据库链接：http://www.hitpredict.org/
4. BioGRID
BioGRID是一个蛋白、遗传和化学互作数据库，数据主要源自文献支持。当前版本4.4.223（2023年7月1日更新），非常新！含82,612种出版物的2,629,002种蛋白质和遗传互作、30,725种化学相互作用和1128339种翻译后修饰。
用法都比较类似，首页右侧Search处选择对应物种，输入蛋白名或基因名search，这里以RAN为例。
页面上方包含基因信息版块、各个外部数据库链接和互作预测结果统计饼图。
页面下方为详细的预测结果表，含预测基因、蛋白、化学分子的描述信息。点击View按钮，可以查看具体的互作证据（文献来源）。
在Switch View中切换到Network，可显示PPI网络，不过无法存储为矢量，更建议大家下载数据，使用Cytoscape自行绘图，更详细内容可戳往期教程。
数据库链接：https://thebiogrid.org/
教程链接：《分享一个基因蛋白互作数据库》
5. HINT
HINT中的数据来自8个互作资源数据库（BioGRID、MINT、iRefWeb、DIP、IntAct、HPRD、MIPS和PDB），支持进行单个或批量查询。最近的更新在2021（稍微有点旧了），可酌情参考使用。
以SH3GL2为例，在首页过滤器中完成选择并Submit，在跳转页面稍等片刻，可获得该蛋白的PPI网络图和interactors数量。
将光标放到某个蛋白节点，会即时显示与之关联互作蛋白。
页面下滑，为interactors列表，支持下载到本地，对应Evidence Code和PubMed ID点击可直接跳转。
网站链接：http://hint.yulab.org/
好啦，今天的分享就到这里！
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