肠道菌群相关研究是目前非常火热的方向，同时也是国家自然科学基金资助的重点方向之一，其适用的研究领域也迅速扩展，从经典的中医、中药领域，到代谢性疾病、神经系统疾病、心脑血管疾病和免疫相关疾病。然而，在研究中面对的最大痛点是测序的文章发表后，后续的机制研究该怎么延伸，这一直是肠道菌群相关研究的重要难点。
鉴于肠道菌群与临床疾病的广泛影响及重要作用，然而在具体的研究过程中，哪些疾病可以设计与肠道菌群的相关研究？肠道菌群研究的实验方向都有哪些？具体试验分组该如何设置？样本如何收集和处理？可以和哪些研究手段进行结合分析？如何实现“短、平、快”的发表文章，积攒研究基础？
课程目标：
1.掌握肠道菌群研究课题研究思路与设计方法；
2.掌握宏基因组测序分析数据分析与制图方法；
3.掌握16S测序分析数据分析与制图方法；
4.掌握代谢组学分析数据分析与制图方法；
5.掌握R语言、SIMCA软件应、Fastqc软件、Mothur软件及galaxy数据库应用；
6.掌握肠道菌群文章写作与投稿。
课程内容：
一、肠道菌群研究的意义
重点介绍有关于肠道菌群研究在临床的治疗前景以及注意事项
1.肠道菌群简介
2.肠道菌群在疾病中的应用
3.肠道菌群分布及多样性
4.肠道菌群的组成
5.中草药活性成分与肠道菌群
6.肠道菌群样本要求
二、肠道菌群组成变化的研究方法
重点介绍宏基因组测序分析、16S测序分析、高通量测序分析及代谢组学分析的原理、意义、结果、结果解读。实例分享讲解每一个分析在肠道菌群研究中的重要意义
1. 宏基因组测序分析
1.1. 数据质控
1.2. 宏基因组组装
1.3. 宏基因组基因预测
1.4. 宏基因组物种注释和功能注释
1.5. 基于物种和功能分析
1.6. 高级分析
2. 16S测序分析
2.1. 数据质控
2.2. OUT聚类分析与结果解读
2.2.1. OTU 分析流程
2.2.2. OTU 热图与结果解读
2.2.3. OTU Network图与结果解读
2.3. 多样性分析与结果解读
2.3.1. alpha多样性分析与结果解读
2.3.2. beta多样性分析与结果解读
2.4. 物种注释与结果解读
2.5. 组间物种差异分析与结果解读
2.6. 随机森林分析与结果解读
2.7. 功能预测分析与结果解读
2.8. 个性化分析与结果解读
3. 宏基因组测序和16S测序区别
4. 高通量测序分析
5. 代谢组学分析
5.1. PCA分析与结果解读
5.2. PLS-DA分析与结果解读
5.3. 差异代谢物筛选与结果解读
5.4. 多样性分析与结果解读
5.5. LEfSe分析与结果解读
5.6. 随机森林分析与结果解读
5.7. 功能分析与结果解读
5.8. KEGG分析与结果解读
5.9. 关联分析与结果解读
三、R语言基础
简要介绍基于R语言的分析绘图，为相关分析实操打下坚实的基础
1.R语言简介
2.R语言安装及配置
3.R语言数据结构
4.R语言数据处理
5.R语言绘图
四、肠道菌群常用软件及数据库
重点介绍除R语言的分析绘图外的绘图软件及在线绘图数据库
1. SIMCA软件应用与实操
2. Fastqc软件应用与实操
3.Mothur软件应用与实操
4. galaxy数据库应用与实操
五、肠道菌群相关分析实操
上机实操基于R语言、软件和数据库的分析操作
1. 宏基因组组装实操
2. 宏基因组基因预测实操
3. 宏基因组物种注释和功能注释实操
4. 基于物种和功能分析实操
5. 高级分析实操
6. OUT聚类分析实操
7. 多样性分析实操
8. alpha多样性分析实操
9. beta多样性分析实操
10. 物种注释实操
11. 组间物种差异分析实操
12. 随机森林分析实操
13. 功能预测分析实操
14. 个性化分析实操
15. PCA分析实操
16. PLS-DA分析实操
17. 差异代谢物筛选实操
18. 多样性分析实操
19. LEfSe分析实操
20. 随机森林分析实操
21. 功能分析实操
22. KEGG分析实操
23. 关联分析实操
六、肠道菌群文章写作与投稿
重点讲述注意事项及通用格式，掌握此部分内容，一投即中
1.文章写作
1.1. 前言
1.2. 方法
1.3. 结果
1.4 结论
2. 投稿
2.1. 投稿技巧
2.2 常见退稿原因
七、总结及答疑
针对学员在学习中存在的普遍问题进行补讲及答疑
1.根据学员反馈补充细讲学习中薄弱环节
2.学后交流、微信群、QQ群建立；
3.咨询、合作。专业技术团队深入探讨。
课程知识点及案例：
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