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·党产难题：据国民党统计，包括中广、中影、“国发院”等缠讼中案件至少十件，党务主管表示，“马英九兼党魁，头痛时刻才开始。”吴伯雄曾宣示去年底完成“党产归零”。[详细]
·国共平台的重新调整：伴随着国民党主席吴伯雄和中共中央总书记胡锦涛的两次会谈，目前国共两党最高层事实上已经建立起直接对话的形式和机制。但在马英九兼任党主席之后，他的“总统”身份使得他短期内不便与来大陆访问，这意味着未来国民党只能由副主席或者荣誉主席出面进行国共高层交流，使得国共两党最高层直接对话的形式降格。
·如何使用党政大权令人瞩目：马英九若当选，党政大权集于一身，未来权力的使用不是问题，权力的节制才是重点，如何让党内资源分配合理化，让党政合作效率极大化，进而达到马英九更有效政务运作的目标，实在考验着马英九。
·中常会将是马英九改造国民党的第一步：中常会是国民党最高决策机制，国民党在4年前修改党章，将中常委改由党代表直选产生后，党代表则成为中常会权力基础。党内人士指出，将党籍部会首长全数纳为核定党代表，同时透过党内民主机制，改变党内的决策与权力结构，就是马改造国民党第一步。 | 
