大学行政化是个内涵丰富的词，至少包括两种有联系而不同的含义：一是政府部门对学校管理的行政化，二是学校内部管理的行政化。有人把学校的党委比喻为企业的董事会，而校长是总经理；更有人坦言，党委领导就是党委书记领导校长，但学校一旦出了事，就是校长负责，戏称“领导的不负责，负责的不领导”。
　　南科大信奉大师们是治校的主人，学术研究将得到足够尊重。这将是一所“谁有理谁说了算”，而非“谁官大谁说了算”的学校。圳特区立法通过《南方科技大学条例》，实现依法治校，将行政力量的干预减到最小。学校的最高决策机构是理事会，由政府代表、人大代表、社会贤达、学校领导、教授代表、学术代表、校友代表组成。校长由理事会选出，而非上级委派。

　　中国的教育的规章制度是只允许渐进式的创建大学，是一步步走的，这集中体现在一个学校想招研究生一定要事先把学校建好，建得成功了，教育部来进行评估，估好了，你才有可能得到硕士学位授权；硕士学位授权若干年了，做得很好了，你才可能得到申请博士点的授权；博士点授权通过了才可以招相关的博士生，这样要通过很多年反复申请评估才有可能变成研究型大学，所以这种规章制度是不允许一个大学从创建开始就一步到位要建成研究型大学的。
　　南科大试图一步到位的建立一所研究型大学。朱清时指出，深圳制定的这个目标和现有规章制度有冲突。对全社会来说，对教育界来说，深圳订立的目标是对的，因为世界上一步到位建成研究型大学很多，而且这样的大学很诱惑力、很有创新能力比如说香港科技大学、比如说美国的卡内基梅隆大学，还有韩国浦项科技大学，都是这样，筹建之初就是研究型大学。

　　众所周知，国内的高校选拔招生主要靠我们每个人都熟悉的不能再熟悉的高考。普通高等学校招生全国统一考试简称高考，是中华人民共和国重要的全国性考试之一。合格的高中毕业生和具有同等学历的考生参加选拔性考试，高等学校根据考生成绩，按已确定的招生计划，德、智、体全面衡量，择优录取。
　　而南科大决定“自主招生，不参加高考”。根据中国相关政策，教育部批准筹建高校并不等同于批准招生，而在等待招生批复三年无果后，朱清时在去年底宣布南科大将“自主招生、自发文凭”。今年3月，该校绕过高考招生体系，录取45名新生作为该校第一批学生。南方科技大学自主招生方案在该校网站公布，同时公布的，还有《朱清时校长致报考南方科大考生、家长的一封信》。在这封公开信里，校长朱清时抨击了现行教育制度的弊端，向社会宣示其改革的决心。

　　现行《高等教育法》明确提出，高校实行的是党委领导下的校长负责制，这与南方科技大学实行的“学校理事会决定各项大事”之间的衔接还有待进一步观察。而该校此前公布的管理暂行办法中，“教授治学、学术自治”原则被写入总则。校长五年一选，深圳特区立法通过《南方科技大学条例》，实现依法治校，将行政力量的干预减到最小。学校的最高决策机构是理事会，由政府代表、人大代表、社会贤达、学校领导、教授代表、学术代表、校友代表组成。校长由理事会选出，而非上级委派。

　　南科大的办学理念和制度都参考了香港科技大学的成功经验，因此二者有着很多的相似点，但是由于社会环境和历史条件不同，又有着不同的发展轨迹。但两者的不同点却是远远大于相同点的，或许正是其中的不同点，使朱清时的合作筹建顾问班子撤离，使南科大的办学理念和实践广受质疑。也正是这种不同点，使南方科大永远模仿不了香港科技大学，更成不了香港科技大学。
　　【相似点】政府全力筹建;校长公开遴选;目标是建设高水平研究型大学；一个筹建5年后招生开学，一个筹建4年后招生开学;在筹建时期，香港科大曾因预算严重超支、设备豪华等广受争议。南科大则因其“自主招生、自授学位”、“去行政化失败”等面临巨大的诘难。
　　【不同点】社会大力支持下，政府的“无为”更重要。
　　[港科大]：筹建香港第三所大学，是香港行政局和香港社会的共同愿望，得到社会的积极响应和热切支持。这可以从其筹备委员会人员组成和社会积极捐款两个方面得到印证。在筹备委员会公开征求校名时，社会积极建议，建议名称超过百个。香港政府拨款之后，没有连带任何条件、任何要求、任何框架、任何压力。香港科技大学的政治干预几近于零。也正是这种政府的“无为”成就了香港科技大学美好的今天。
　　[南科大]：在深圳建设第二所大学，也得到政府和特区人民的支持，但这种支持力度不可同日而语，支持背后的动因更是天壤之别。当然，最大的不同是在这种热切的期盼中，香港政府却表现出高度的“靠边站”。反观南方科技大学，虽然得到政府和特区人民的支持，但政府在南方科技大学筹建中的作用却是巨大的，也是自始至终的。从校长遴选，到校园建设，甚至到仪器购置，学生不参加高考，都能看到政府“作为”的影子。

　　南科大从出现到现在一直争议不断，所以现在的大学生中就出现了这样一个群体，南科大的大学生，不管你是教育部承认的重点大学还是普通大学你都可以说自己是大学生，但是南科大的学生们就一定要说自己是南科大的大学生，为什么就有这么一个标签了呢，因为他们没有参加高考，毕业后是自授文凭，所以啊他们怎么能和其他大学生一样呢。很悲观的想一想，南科大的这批被贴了标签的大学生们，很有可能在四年毕业后而不被社会承认，那个时候什么样恐怕他们自己也不敢想。

　　南科大这种本身想独立开辟一个就是对学生进行评价及对学生能力进行认可的系统。但是在中国现有的状态下，一步到位是做不到的，需要几十年的努力。它需要有一些老百姓认可的标准，比如说，他们学校的毕业生一代一代出来，确实证明了他们培养的孩子比现有的大学培养出来的强，而现在它没有这样的证明：用学生来说话。如果没有这样证明的话，实验最后到底会不会成功，是要等待时间来回答的。现在还不行。

　　南科大校长朱清时曾告知媒体，《致家长的一封信》和后来学生入学签订的协议，都已明确了教育部不承认学历和文凭的事情。这意味着，这批学生4年后，拿着未经国家认可的一纸南科大的学位，若就业或者前途达不到当初预期，这些统统与南科大没有关系。
　　没有人怀疑从近千名报名者中遴选而出的孩子们的学习能力，以及他们拥有的高质量教育资源，也没人能否认在协议上签字的意义。但排除这两点，和南科大“背水一战”、“如履薄冰”的孩子们未必真的清楚自己面临的风险。改革可以失败、学校可以被叫停、甚至旗手朱清时也可以辞职走人，唯一需要代价的只有付出4年时光的南科大学生。
　　南科大实验班开学时，学生小万跟记者打趣：“高风险才有高回报的嘛。”但愿这只是一句玩笑话，办教育绝对不是投资。可现实上，这群孩子和这个学校就是在参加一场赌局，朱清时说一定能赢，他相信招生、发学历一定获批、孩子们未来一定争气。可一旦输了，只有孩子们赔了4年黄金时间，其他人并没有什么损失。