2月26日星期五中午时分,爆炸发生在大楼地下二层的停车场,炸弹炸出了一个长60米、宽30米的大坑,炸穿了大楼的地下层,停车场内的汽车大多被毁。。巨大的冲击波使整个大楼的动力系统全部切断,大楼与外界的联系立即终止,电话中断,电梯停驶,不少人被困在电梯内。大楼内多处起火,浓烟一直冒到400多米的顶层。
大爆炸摧毁了世界贸易中心大楼的整个动力系统,主楼已经无法进行正常办公,因此大楼被迫关闭。据估计,爆炸造成了6000万美元的直接经济损失,商业损失高达3亿美元,如果再算上停止开放一个月带来的损失,那么,这次爆炸造成的损失将超过10个亿。