她把处理这一严峻局势的全权交给李鸿章，命其“相度机宜，妥为筹办”（《中法战争》）。很明显，慈禧态度的含混，表明她对中法战争存在极大的侥幸心理。而此时，身为军机领班的奕䜣，对“战”、“和”这样关乎国家命运与未来的大问题上也不置可否，甚至动辄请假或不入朝，不和不战、麻木不仁。奕䜣的态度，令当朝诸臣十分不解，翁同龢更是心急如焚：“如何如何，愤懑填膺也。”（《翁同龢日记》）
人们不禁要问：那个纵横捭阖的奕䜣哪去了？此时的奕䜣身心俱疲，锐气全消，孤立无援。
中法战争爆发前后，他对言战颇感犹豫，对言和又颇多顾忌。遭受多次打击和大病初愈的奕䜣此时尽量保持少言说的态度，不断揣摩慈禧的意向。然而，他对中法战争的犹豫不决和对慈禧的一味应付，终于引起了朝臣的不满和慈禧的愤怒。奕䜣似乎也感觉到了慈禧的不满，为讨好慈禧，奕䜣为半年后慈禧寿典一事煞费苦心，企图博得慈禧的好感。
光绪十年初，中法战争连续失败，朝野舆论哗然，慈禧找到了难得的借口。
年初，不断传来进入越南的两支清军连连战败的消息，一支是广西巡抚徐延旭统领的粤西防军约六千人，另一支是云南布政使唐炯统领的滇省防军约八千人。御史们开始纷纷谏言，要求追究战争责任。按律最先逃跑的前敌将领应处死，统兵大员当拿问。慈禧震怒，广西巡抚徐延旭和云南巡抚唐炯均革职拿问。任命潘鼎新为广西巡抚，张凯嵩为云南巡抚。谁来承担失败的主要罪责呢？
奕䜣！慈禧不会错过这个置奕䜣于死地的机会。
三月初八（4月3日），慈禧召见军机大臣，不失时机地为罢免军机大臣改组军机处制造舆论。她在分析战争责任时，大谈特谈官员因循守旧，应对不力。据《翁同龢日记》记载：“今日入对时，谕及边防不靖，疆臣因循，国用空虚，海防粉饰，不可以对祖宗。”言辞颇为严厉，所指非常明确：军机大臣不得力，不惩办无以对祖宗。
在慈禧的舆论导向下，日讲起居注官左庶子盛昱上《疆事败坏请将军机处交部严议》奏折，严厉弹劾张佩纶、李鸿藻，同时敦促恭亲王奕䜣和军机大臣宝鋆等，不要蒙蔽视听，诿卸责任，而要戴罪图功。
慈禧如获至宝，将折子留中不发，她要不露声色地安排一切。首先，她要把奕䜣支开。恰好第二天，即三月初九日（4月4日）是清明节，慈禧派奕䜣去东陵祭祀，主持慈安皇太后三周年祭典。往返东陵需要一些时间，她完全可以借此机会逐一安排。然后，频频召见亲信宠臣。随后，慈禧以祭奠九公主的名义前往九公主府并留下用膳，此次，她又以祭奠为借口，不露声色地制造了一次单独召见奕譞的机会，两人进行了秘密的商讨。十二日，慈禧在召见军机后，相继密见了孙毓汶和奕譞。
一切准备停当，慈禧发出致命一击。十三日，奕䜣办理完祭典相关事宜后回来，本应召见，但这一天，慈禧只召见御前大臣、大学士、六部满汉尚书，军机大臣一概未得召见。就在奕䜣和诸军机大臣耐心等待召见的时候，忽然传出太后懿旨，让在场的每一个人都大吃了一惊！这是一份革除奕䜣及全体军机大臣的上谕，宣布将奕䜣为首的军机处全班撤换。奕䜣被革去一切职务，并撤去恩加双俸，令家居养疾，处罚最重。跟随奕䜣二十多年的宝鋆也被开去一切差使，仍以原品休职；李鸿藻和景廉降两级调用；翁同龢革职留用，退出军机，仍在毓庆宫行走，继续为光绪帝授读，处罚最轻。
上谕加给奕䜣等人的罪状是：“军机处实为内外用人行政之枢纽。恭亲王奕䜣等，始尚小心匡弼，继则委蛇保荣，近年爵禄日崇，因循日甚，每于朝廷振作求治之意，谬执成见，不肯实力奉行，屡经言者论列，或目为雍蔽，或劾其萎靡，或谓簠簋不饬，或谓昧于知人。”（《清代通史》）
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