1947年8月印巴分治后始终不睦，并于1948年、1965年和1971年三次爆发全面战争。1971年12月断交，1976年7月复交。80年代关系有所缓和，近年来因克什米尔争端又不时出现紧张局面，边境交火事件不断。双方领导人和官员为改善关系进行过多次对话和谈判。1992年底，印度发生阿约迪亚毁寺事件后，在巴引起强烈反响，导致印巴关系下降。1993年，两国关系因孟买爆炸案和哈兹拉特巴尔清真寺等事件继续恶化。1994年，印巴关系因相互指责并驱逐对方外交人员而持续紧张。1995年，印巴就印控克什米尔地区沙拉尔谢立夫城的圣陵和清真寺被毁事件相互指责，双边关系更趋紧张。1996年，印巴关系稍有缓和，但未取得实质性进展。1997年，印巴恢复政治对话和总理会晤，两国关系出现缓和势头。1998年，印巴相继进行核试验，展开核军备竞赛，两国关系急剧紧张。1999年2月，印总理瓦杰帕伊与巴总理谢里夫签署了《拉合尔宣言》，双边一度缓和。但4月印巴试射导弹，5月两国在印控克什米尔地区卡吉尔发生激烈冲突，印巴关系再次由缓和趋向恶化。12月，一架印民航班被劫持，印外长指责巴与此事有牵连。

　　2000年，印巴关系处于僵持状态，年底气氛有所缓和。1月16日，巴首席执行官穆沙拉夫接受《印度教徒报》采访时表示，巴愿与印对话，不反对同时讨论克什米尔争端和其它问题，但克什米尔问题应作为核心问题。17日，印重申只有巴先停止跨界恐怖活动，创造良好双边气氛后，两国才能恢复会谈。3月20日，在美国总统克林顿访印前夕，印控克什米尔地区发生35名锡克村民被不身份的武装分子枪杀惨案。2000年7月28日，针对印控克什米尔地区武装组织“真主圣战者”提出停火、愿与政府对话的建议，印政府作出积极回应。7月31日-8月2日，为报复“真主圣战者”提出停火对话建议，一些极端武装分子在印控克什米尔地区接连发动针对军警、朝圣者和平民的血腥屠杀。印全国上下一致予以强烈谴责，矛头直接指向巴基斯坦，指责巴授意这些极端主义组织破坏和平进程。由于印政府反对举行包括巴基斯坦在内的三方会谈，8月8日，“真主圣战者”宣布取消停火。9月6日，巴首席执行官在联合国千年首脑会议上发言，呼吁联合国千年安理会干预克什米尔争端。8日，印总理在首脑会议发言，称印是跨界恐怖主义牺牲品，呼吁全世界反对恐怖主义。其中包括一项减少核危险的议案。11月19日，印总理宣布将于斋月期间在印控克区实行单方面停火。12月2日，巴宣布在控制线实行“最大限度的克制”，并提出希在斋月结束后即开始印、巴及代表克区人民利益的组织参加的三方会谈。20日，印总理瓦杰帕伊宣布，为创造恢复对话的条件，克什米尔地区的斋月停火延长至2001年1月26日，届时政府将根据实际情况决定下一步行动。克区武装组织普遍对此表示欢迎。巴随即宣布在控制线附近部分撤军，并要求印度也采取相应行动。自政府宣布在克区实行“斋月停火”及延长停火以来，克区部分武装组织反应消极，暴力事件不断发生。

　　2001年，印巴关系以"9·11"事件为界线呈前缓后紧之势。2月2日，巴首席执行官穆沙拉夫打电话给瓦杰帕伊总理，就印古吉拉特邦发生地震表示慰问，这是穆上台后两国领导首次取得直接联系。6日，穆表示愿邀请瓦访巴，也愿应邀访印。9日和16日，印巴相继宣布释放被扣押的对方渔民。21日，印政府决定将印控克区单方停火继续延长三个月。5月23日，印内阁安全会议决定邀请穆沙拉夫近期访印，印各界对此表示欢迎。6月20日，穆沙拉夫就任巴总统，瓦杰帕伊给穆打电话，表示期待着与穆在印的会晤。7月15日，瓦杰帕伊和穆沙拉夫在印阿格拉举行会晤，但由于双方在克什米尔、跨界恐怖主义等问题上分歧太大，会晤未达成具体成果。

　　 "9·11"事件后，双方原定于9月下旬在联合国大会期间举行的会晤受到影响而取消。同时，印借美反恐斗争之机不断向巴发难，希将巴列入恐怖国家。10月1日，印控克区议会发生爆炸事件，造成30多人死亡，印称不能无视恐怖主义对其国家安全构成的威胁，印的耐心是有限度的，巴与恐怖主义有联系，打恐也应包括影响印度的这类恐怖主义。10月8日，穆沙拉夫与瓦杰帕伊通电话，穆建议两国应缓和紧张关系，重启对话进程，并邀瓦访巴。瓦表示原则同意巴方建议，但指出双方会谈应包括反恐在内的所有问题。12月13日，印议会遭枪击，造成14人死亡，5名武装分子当场被击毙。事件发生数小时后，穆沙拉夫即致函瓦杰帕伊，强烈谴责该事件，并对遇难者家属表示哀悼。14日，印指责该事件为巴控克区的拉什卡尔和杰什两个恐怖组织所为。16日，印向巴递交了要求巴取缔上述两组织的文件。巴表示如印能拿出证据，巴将进行调查并采取行动，但警告印不要对巴采取任何冒险行动。17日，印内政部长阿德瓦尼在议会发言，将该事件直接与巴联系在一起。18日，瓦杰帕伊称该事件是"对印国家生存和荣誉的攻击"，印可能采取任何手段打击恐怖主义。19日，印开始向印巴边界增兵，并运送坦克等重型武器。21日，印宣布召回其驻巴高专，并决定从2002年1月1日起中止印巴间的公路和铁路交通。26日，印宣布将巴驻印高专署人员编制裁减一半，中止巴航过境权等对巴制裁新措施。