上一篇文章我们学会使用AlphaFold3预测分子间相互作用应用场景及操作流程。本期Kiki学姐将手把手教你如何使用AlphaFold3预测分子间相互作用实操演示。

共分为四个篇章，本文将对第三章进行介绍。

第一章 AlphaFold3预测分子间相互作用应用场景
第二章 AlphaFold3预测分子间相互作用操作流程
第三章 AlphaFold3预测分子间相互作用实操演示

第一节预测蛋白质 - 蛋白质相互作用实操演示

第二节预测蛋白质 - RNA相互作用实操演示

第四章使用Pymol 对AlphaFold3预测结果分析

第一节 AlphaFold预测蛋白质 - 蛋白质相互作用实操演示

1. 准备分子序列信息

Human Growth hormone与Human Growth hormone receptor

确定Human Growth hormone序列

> 打开uniprot网站→打开Human Growth hormone 详情页（https://www.uniprot.org/uniprotkb/P01241/entry#sequences）

> 点击“Sequence & Isoforms”（图1） → 点击“Copy sequence”（图1），复制Human Growth hormone氨基酸序列。

图1 uniprot Human Growth hormone详情页

Human Growth hormone序列如下：

MATGSRTSLLLAFGLLCLPWLQEGSAFPTIPLSRLFDNAMLRAHRLHQLAFDTYQEFEEAYIPKEQKYSFLQNPQTSLCFSESIPTPSNREETQQKSNLELLRISLLLIQSWLEPVQFLRSVFANSLVYGASDSNVYDLLKDLEEGIQTLMGRLEDGSPRTGQIFKQTYSKFDTNSHNDDALLKNYGLLYCFRKDMDKVETFLRIVQCRSVEGSCGF

确定Human Human Growth hormone receptor序列

> 打开uniprot网站，打开Human Growth hormone receptor 详情页（https://www.uniprot.org/uniprotkb/P10912/entry#names_and_taxonomy）

> 点击“Sequence & Isoforms”（图2） → 点击“Copy sequence”（图2），复制Human Growth hormone receptor氨基酸序列。

图2 uniprot Human Growth hormone receptor详情页

Human Growth hormone receptor序列如下：

MDLWQLLLTLALAGSSDAFSGSEATAAILSRAPWSLQSVNPGLKTNSSKEPKFTKCRSPERETFSCHWTDEVHHGTKNLGPIQLFYTRRNTQEWTQEWKECPDYVSAGENSCYFNSSFTSIWIPYCIKLTSNGGTVDEKCFSVDEIVQPDPPIALNWTLLNVSLTGIHADIQVRWEAPRNADIQKGWMVLEYELQYKEVNETKWKMMDPILTTSVPVYSLKVDKEYEVRVRSKQRNSGNYGEFSEVLYVTLPQMSQFTCEEDFYFPWLLIIIFGIFGLTVMLFVFLFSKQQRIKMLILPPVPVPKIKGIDPDLLKEGKLEEVNTILAIHDSYKPEFHSDDSWVEFIELDIDEPDEKTEESDTDRLLSSDHEKSHSNLGVKDGDSGRTSCCEPDILETDFNANDIHEGTSEVAQPQRLKGEADLLCLDQKNQNNSPYHDACPATQQPSVIQAEKNKPQPLPTEGAESTHQAAHIQLSNPSSLSNIDFYAQVSDITPAGSVVLSPGQKNKAGMSQCDMHPEMVSLCQENFLMDNAYFCEADAKKCIPVAPHIKVESHIQPSLNQEDIYITTESLTTAAGRPGTGEHVPGSEMPVPDYTSIHIVQSPQGLILNATALPLPDKEFLSSCGYVSTDQLNKIMP

2. 登陆AlphaFold Server：https://alphafoldserver.com/

3. 输入数据、预测和下载结果

输入数据

在序列输入区：根据蛋白复合物信息选择“Molecule type” 、 “Copies” 参数，并输入序列→ 点击“Continue and preview job”（图3）。

图3 AlphaFold Server序列输入区A

预测和下载结果

修改Job name（GH-GHR，图4） → 点击“Confirm and submit job” （图4）→ 在AlphaFold Server历史记录中找到“GH-GHR”，点击“GH-GHR”（图5），进入网页（图6） → 进行预测结果分析（分析结果如下） → 点击“Download” （图6），下载预测的蛋白质结构文件。

图4 AlphaFold Server提交A

图5 AlphaFold Server历史记录区A

图6 AlphaFold Server GH-GHR预测结果详情页

AlphaFold Server预测结果分析

> 在图6中，蛋白部分偏深蓝，说明结构整体置信度一般。

> pTM=0.5，说明复合物的整体预测与真实结构相似。

> ipTM>0.8：预测结果正确与否不能确定。

4. Pymol查看和分析结果

（具体操作流程在下方“Pymol AlphaFold3预测结果分析”实操演示中查看）

第二节 AlphaFold预测蛋白质 - RNA相互作用实操演示

1. 准备分子序列信息

Tb ADAT2/3脱氨酶与tRNA

确定蛋白质序列1

MVQDTGKDTNLKGTAEANESVVYCDVFMQAALKEATCALEEGEVPVGCVLVKADSSTAAQAQAGDDLALQKLIVARGRNATNRKGHGLAHAEFVAVEELLRQATAGTSENIGGGGNSGAVSQDLADYVLYVVVEPCIMCAAMLLYNRVRKVYFGCTNPRFGGNGTVLSVHNSYKGCSGEDAALIGYESCGGYRAEEAVVLLQQFYRRENTNAPLGKRKRKD

确定蛋白质序列2

GPDSMEEVVVPEEPPKLVSALATYVQQERLCTMFLSIANKLLPLKPHACHLKRIRRSSATRVATAPMDGFAGGVICDKRDSSVATSTISDGCERNSAALGTPAAEKSHVLELLLSVGGPVDSSALKELESAADTTVAVHRVWVPDRAPRSSAEEWTKWCQIWPFATPKPRVPTQLSECEVGSIQRIFRTVVMPLAKRLRTDETLGIAAVLVDPSDGYRVLVSSGEEHALKRGNSAACLGYVSNSGCRKSNRVVLDHPVTFVLKEVTRKQCKDREVEGDASYLANGMDMFVSHEPCVMCSMALVHSRVRRVFYCFPNPVHGGLGSTVSIHAIQELNHHFRVFRCDSRWLSDPEGVSSDHDNPYWEDLTVP

RNA序列

GGCCGCUUAGCACAGUGGCAGUGCACCACUCUCGUAAAGUGGGGGUCGCGAGUUCGAUUCUCGCAGUGGCCUCCA。

离子：Zn2+

2. 访问AlphaFold Server：https://alphafoldserver.com/

3. 输入数据、预测和下载结果

输入数据

在序列输入区：根据蛋白复合物信息选择“Molecule type” 、 “Copies” 参数，并输入序列→ 点击“Continue and preview job”（图7）。

图7 AlphaFold Server序列输入区B

预测和下载结果

点击“Confirm and submit job” （图8）→在AlphaFold Server历史记录中找到“Protein-RNA-Ion：PDB 8AW3”，点击“Protein-RNA-Ion：PDB 8AW3”（图9），进入网页（图10） → 进行预测结果分析（分析结果如下） → 点击“Download” （图10），下载预测的蛋白质结构文件。

图8 AlphaFold Server提交B