空军总司令部是台湾空军部队的最高领率机关，其主要任务是依据台湾军队的建军方针、原则和军事战略，拟制空军建设规划并组织实施；制定防空作战计划，指挥空军部队的战斗行动；组织各种技术、勤务保障；制订训练大纲，组织部队训练。空军总司令部通过政治作战部、作战司令部、后勤司令部、防空炮兵司令部等对部队实施组织指挥和管理。

　　台湾空军由飞行部队、地面技术勤务保障部队和防空炮兵部队组成。地空导弹部队归陆军建制。

　　飞行部队是空军的主体，共有8个联队，其中战斗机联队7个，反潜运输机联队1个。7个战斗机联队中，2个装备F—16型机，1个装备幻影2000—5型机，2个装备IDF型机，2个装备F—5F型机。战斗机联队下辖1个飞行大队、1个维护补给大队、1个基地勤务大队；反潜运输机联队下辖2个运输机大队，1个反潜机大队，1个维护补给大队和1个基地勤务大队。飞行大队是台湾空军的基本战术分队，下辖3—4个中队。飞行中队是台湾空军的基本战术分队，战斗机中队编制飞机18—22架，运输反潜机中队编制飞机16架。

　　地面联队是台湾空军的技术、勤务保障部队，包括通信航管联队、战术管制联队、气象联队和电讯监测中心等，主要任务是实施技术勤务保障。松山、金门、马公和花东所设的4个指挥部，为空军驻该地区的辅助指挥、管理机构。

　　防空炮兵部队主要担负台湾机场、港口、雷达阵地、导弹连和指挥机关的防空警卫任务。台湾空军设有防空炮兵警卫司令部，下设北部、中部、南部、东部4个警卫指挥部、8个防炮团，下辖14个防炮营和11个警卫营，共109个连。其中40毫米防炮营下辖4—5个高炮连，每连装备40毫米双管自行高炮8门，12.7毫米4管高射机枪8挺；35毫米快炮营下辖4个快炮连，每连装备35毫米快炮4门，“麻雀”导弹发射架4部，组成“天兵”防空系统。