依据新的军事体制，“国防部”下辖军政、军令、军备三个体系，分别由军政、军备副部长、参谋总长督导。军政体系即“国防部”，编设六个司六个室和两个委员会。六个司是：战略规划司、人力司、资源司、法制司、军法司、后备事务司；六个室是：部长办公室、史政编译室、督察室、整合评估室、人事室、会计室；两个委员会是：诉愿审议委员会、国军官兵权益保障委员会。“国防部”所属机关有：总政治作战局、主计局、军医局、军备局和中山科学研究院、国防大学。

　　“国防部”系台湾当局主管台湾地区军事行政事务的机构。其职权为：对于各地最高级行政长官执行该部主管业务，有批示、监督之责；就主管业务，对于各地最高级行政长官之命令或处分，认为有违背法令或逾越权限者，可提经“行政院”会议议决后停止或撤销，但若有紧急情况，可呈请“行政院”院长先行令饬停止该项命令或处分之执行。

　　“国防部”是1946年6月1日在南京国民政府时设立的，但其组织法未公布。1949年国民党政权迁台后，“国防部”也随之去台。1950年时，台湾当局“国防部”仅设办公室、参事室、审计司、人事司、物资司、法规司等六个单位。1970年11月，“国防部组织法”公布。1978年7月，相关之“参谋本部组织法”亦修正公布。

　　“国防部”下设部长办公室、军事发言人室、人力司、物力司、法制司、军法局、主计局、人事局、会计室、战略计划研究委员会、军事工程委员会、作战纲要编辑委员会、研究发展处、诉愿审议委员会等机构。

　　“国防部”置部长一人，为文职官，特任；副部长一人，特任或二级上将；常务次长三人，十四职等或中将；参事若干人，十至十四职等或中（少）将；主任一人，司长三人，局长二人，均十至十四职等或中将；副主任、副司长、副局长各若干人，均十到十四职等或少将；处长若干人，七至十一职等或少将；副处长若干人，七至十一职等或上校；技正、专门委员若干人，均十至十四职等或上校；参谋若干人，上、中、少校；科长、秘书、稽核、编审、专员各若干人，六至九职等或上、中、少校；军法官若干人，上校；编辑、书记官各若干人，均四至六职等或中、少校、上尉；办事员若干人，一至五职等或上、中、少尉；书记若干人，一至三职等；人事室、会计室主任各一人，均六至九职等或中、上校。

　　历任“国防部”部长

　　何应钦：1948年5月—1948年11月

　　徐永昌：1948年11月—1949年1月

　　何应钦：1949年4月—1949年5月（兼）

　　（以上三任均系在国民党统治大陆时期任职）

　　阎锡山：1949年6月—1950年1月（兼）

　　顾祝同：1950年1月—1950年3月

　　俞大维：1950年3月—（未到职）

　　郭寄峤：1951年2月—1954年5月

　　俞大维：1954年5月—1965年1月

　　蒋经国：1965年1月—1969年7月

　　黄 杰：1969年7月—1972年6月

　　陈大庆：1972年6月—1973年7月

　　高魁元：1973年7月—1981年12月

　　宋长志：1981年12月—1986年6月

　　汪道渊：1986年6月—1987年4月

　　郑为元：1987年4月—1989年11月

　　郝柏村：1989年12月—1990年5月

　　陈履安：1990年5月—1993年1月

　　孙 震： 1993年2月—1994年12月

　　蒋仲苓：1994年12月—1999年1月

　　唐 飞：1999年1月—2000年5月

　　伍世文：2000年5月—2002年

　　汤曜明：2002年

　　历任“国防部”副部长

　　袁守谦：1950年3月—1954年6月

　　黄镇球：1954年6月—1955年8月

　　马纪壮：1955年8月—1959年2月

　　梁序昭：1959年2月—1963年12月

　　蒋经国：1963年12月—1965年1月

　　马纪壮：1965年1月—1972年6月

　　冯启聪：1972年6月—1978年6月

　　郑为元：1978年6月—1981年6月

　　张国英：1981年6月—1987年12月

　　言百谦：1987年4月—1987年12月

　　郭宗清：1987年12月—1990年5月

　　陈守山：1990年5月—1991年6月

　　庄铭耀：1991年6月—1992年5月

　　汪多志：1992年5月—1993年10月

　　顾崇廉：1993年10月—1994年4月

　　赵志远：1994年5月—1996年6月

　　王文燮：1996年7月—1999年1月

　　伍世文：1999年1月—2000年5月

　　陈必照：2000年5月

　　历任“国防部”常务次长

　　杨继曾：1950年3月—1950年6月

　　朱世明：1950年5月—1950年12月

　　罗 机：1950年12月—1965年6月

　　江 杓：1954年7月—1955年11月

　　唐君铂：1956年4月—1958年8月

　　张鼎彝：1956年7月—1961年1月

　　徐凤呜：1958年10月—1961年1月

　　蒋坚忍：1961年1月—1965年10月（退休）

　　唐君铂：1964年11月—1966年7月

　　张国英：1965年10月—1967年4月

　　魏崇良：1965年7月—1966年4月

　　毛瀛初：1966年4月—1967年5月

　　汪道渊：1966年7月—1968年2月

　　艾 爱：1967年7月—1969年7月

　　夏季屏：1967年6月—1970年7月

　　蒋绍禹：1968年2月—1969年7月

　　雷开宣：1969年8月—1977年8月（退役）

　　杨绍廉：1969年7月—1977年4月

　　崔之道：1970年7月—1978年11月

　　陈钟秀：1977年8月—1983年

　　丁恩元：1978年—1980年3月

　　葛敦华：1978年11月—1980年4月

　　郑本基：1980年4月—1983年7月

　　顾传型：1980年3月—1983年11月

　　区小骥：1983年7月—1986年9月

　　余燕生：1983年11月—1986年4月

　　荣承恩：1982年—1985年4月

　　陈家儒：1985年4月—1986年5月

　　马绪援：1986年4月—1991年5月（退休）

　　郭宗清：1986年4月—1987年11月

　　周学春：1986年9月—1989年4月

　　邓维海：1989年5月任

　　欧阳良：1989年5月任

　　梁球芳：1991年5月—1992年12月

　　丁之发：1991年5月—1992年9月

　　许铭昌：1991年9月—1992年5月

　　叶可蔚：1991年12月任

　　滦 勤：1992年5月任

　　罗文山：1992年9月任

　　郭达沾：1994年3月

　　黎克恕：1994年4月

　　黄永厚： —1995年2月

　　沈方祥： —1997年4月