海军总司令部成立于1945年，当时的海军是美国一手扶植起来的。美国不仅将第二次世界大战期间被淘汰下来或行将退役的军舰“赠送”给国民党南京当局，而且还为蒋军训练海军官兵。国民党政权去台后，海军总司令部随之迁往台湾。其主要任务是负责组建和训练海军。并通过其下辖之各司令部和各军区来统御指挥海军。

　　海军总司令部置总司令一人，副总司令二人，参谋长一人。并设政治作战部，置主任一人，副主任一人。海军总司令部下设总司令办公室、总值班室、侍从官室、监察室、督察室、联络室、人事署、情报署、作战署、补给署、公共署、计划署、后勤署、主计署、通信署、总务处、勤务处、运输处、工程处、军械处、军法处、福利处、服务处、军眷管理处、台北勤务处、作战计划委员会、法规委员会、经济委员会、服务委员会、福利委员会。政治作战部下设政一处（人事）、政二处（宣教）、政三处（党务）、政四处（保防）、政五处（康乐）、政六处、干部管理处、联络室、海光艺工队。海军总司令部所指挥的部队有舰队司令部（左营）、陆战队司令部（左营）、两栖部队司令部（左营）、后勤司令部、第一军区（高雄）、第二军区（澎湖）、第三军区（基隆）等。

　　任海军总司令部总司令

　　陈 诚：1945年9月—1947年3月

　　（陈诚系在国民党政权统治大陆时期任职）

　　桂永清：1947年3月—1952年4月

　　马纪壮：1952年4月—1954年7月

　　梁序昭：1954年7月—1959年2月

　　黎玉玺：1959年2月—1965年1月

　　刘广凯：1965年2月—1965年8月

　　冯启聪：1965年9月—1970年6月

　　宋长志：1970年6月—1976年7月

　　邹 坚：1976年7月—1983年5月

　　刘和谦：1983年5月—1988年5月

　　叶昌桐：1988年5月—1992年5月

　　庄铭耀：1992年5月—1994年4月

　　顾崇廉：1994年4月—1997年4月

　　伍世文：1997年4月—1999年1月

　　李 杰：1999年1月—2002年

　　苗永庆：2002年