1971年9月13日，林彪集团刺杀毛泽东的阴谋败露后，乘飞机外逃，摔死在蒙古人民共和国的温都尔汗。这件事一出来，陈伯达立即成了被关注的对象。“四人帮”想趁机将陈伯达置于死地。就在9月13日晚，原来看管陈伯达的几个警卫突然被换了岗。到深夜，又有几个没穿军装的彪形大汉闯进陈伯达住的房间，不容分说，架起陈伯达就走。门口早有一辆汽车等着，他们把陈伯达推上了汽车，汽车就开了。路上，外面漆黑，陈伯达在车里也看不清是往哪里开。车停下后，陈伯达下了车，才看清，这地方是秦城监狱。陈伯达知道，一旦进了秦城监狱，个人生死难料。他在心中还是存有一线希望，因为进秦城监狱并不都意味着必死无疑。但是，就在押送他的人把他架到秦城监狱关押他的牢房里时，他四面一看，血涌上头，突然挣扎着高叫道：“你们要转告毛主席，转告党中央，我陈伯达在阜平时是做过一件好事的！我不是国民党特务！”原来，陈伯达看到，这是一间条件特别差的牢房。他想，把他一个堂堂中央政治局常委关在这样的牢房中，自己是必死无疑了。为了求生，他才高叫起来。

　　他这一声高叫，救了自己一条命。他刚被关进秦城监狱时，让他住的是一间没有窗子的小屋子，小屋里没有床，没有桌子和椅子。陈伯达只能躺在平地上，地上有一些乱草，有一个旧草垫子，给他吃的也是粗粮米饭和菜汤。可是没过几天，他的待遇就大大改善了。监狱方面安排他一个人住在三层楼的一间大屋子里，这间大屋子里各种设备一应俱全，窗子敞亮，可以看到很远地方的景色。而且，整个三层楼只住他一个人，他在三层楼内可以自由走动。这里提供了各种报纸供他阅读，还允许他通过警卫人员从家里拿来一些书籍阅读。他吃的伙食，三餐都是四菜一汤，每天都不重样，比他当中央政治局常委时在家里吃得还要好，医生每隔几天，就给他检查一次身体，有小毛病及时治疗，用的是给中央高级首长用的药。

　　这又是为什么呢？据聂荣臻回忆，1948年，毛泽东率中央机关住到了河北省阜平县的城南庄，刚住下，就有暗藏的国民党特务向国民党军队报告了毛泽东的详细住址。一天，过去一直平静的城南庄的上空突然响起了飞机声，不一会，国民党的几架轰炸机出现在城南庄上空。毛泽东正在屋子里批复电文，没当一回事。陈伯达听见了国民党的飞机声，立即感到大事不好：这些飞机是冲着毛泽东来的。他急忙往毛泽东住的屋子里跑。陈伯达一进院门，看见江青正一个人向外跑，并且很快就钻进了防空洞，而毛泽东还在屋子里。于是，陈伯达不顾危险，跑到毛泽东的屋子里，高声喊道：“敌机来了，敌机来了，主席快走！”毛泽东这才意识到问题严重。陈伯达叫几个战士架着毛泽东赶快撤。毛泽东刚走出院门，敌机扔下的炸弹就准确地炸在毛泽东住的院子里。

　　毛泽东能躲过此劫，陈伯达是有功的。而且，当时江青作为毛泽东的夫人，却不顾毛泽东的安全，只顾自己往院子外跑，而陈伯达不顾自己，往院子里跑。一个向外跑，一个向里跑，两个人的行动已经判明了两个人对毛泽东的不同态度。对此，毛泽东心中当然是有数的。毛泽东是个念旧的人，对这件事不会忘记。而陈伯达在被押至秦城监狱门口，情急之下，为了救自己而高喊的这一句话，就是喊给毛泽东听的。陈伯达原来处于中央政治局常委位置上，这一声高喊，自然会有人把这个情况报告给毛泽东。别人听不懂陈伯达这句话是什么意思，但毛泽东听得懂。毛泽东听到这句话，也自然会想起这段往事。毛泽东会判断：如果陈伯达真是国民党特务分子，他在那个时候，是不会冒着生命危险去救他的。因此，陈伯达说他不是国民党特务，是真话。江青和康生搞的陈伯达的材料不实。毛泽东心中是清楚了，但是，批陈整风是大局，陈伯达也确实跟林彪搞在了一起，毛泽东对陈伯达还是要批的。所以，在此之后，毛泽东对陈伯达在政治上批得很严厉，但在生活上一直关照他。不久，全国把批判的重点转向了林彪，“批陈整风”也改为“批林整风”，对陈伯达的批判，也就逐渐淡化了。

　　对这件事，陈伯达一直感谢毛泽东，他认为，在当时，如果没有毛泽东的关照，就是“四人帮”不对他下毒手，身体一直不好的他，在监狱里也早就死了。