清算历史、绑架人质和朝鲜半岛无核化三大议题，成为两国关系正常化的核心阻碍。

　　其中，朝核问题最为紧迫。日本民主党、社会民主党和国民新党在9日达成的联合执政协议中写道，日本视朝鲜核试验与试射导弹为威胁，“将与国际社会合作，阻止朝鲜发展核武器和导弹”。

　　朝鲜4月宣布退出朝核问题六方会谈后，日本多次呼吁朝鲜重返这一多边对话框架。但从朝鲜官方表态看，朝核问题主动权不在日本手中。预计鸠山上任后将于本月下旬及10月分别与美国、中国和韩国领导人磋商，协调在朝核问题上的立场。

　　“绑架问题”在日本容易在政治层面上和民众中引起情绪化反应。2002年，朝鲜就上世纪70年代末朝鲜特工绑架日本人的问题正式表示“遗憾”并送回遭绑架者及其子女、交回已故遭绑架者的遗骸和遗物。但日本认为这一问题没有解决。

　　宋日昊11日说，由于即将卸任的日本首相麻生太郎对朝采取敌对政策，朝日去年8月就“绑架问题”达成的协议变得“无效”。朝鲜当时同意成立一个重新调查委员会，尽可能在当年秋季前完成相关调查，日本同意在调查开始后放松对朝制裁。

　　不过，宋日昊承认，朝日各自就“绑架问题”是否得到解决的说法“互相矛盾”。他建议，为用双方满意的方式解决这一问题，应首先考虑设立一个“衡量基准”。

　　朝鲜还要求清算日本殖民朝鲜半岛的历史并要求日本作出赔偿。金永南说：“如果（日本）重视《朝日平壤宣言》并根据宣言对不幸的过去进行严肃清算，认真解决（其他）关心的问题，两国之间就没有解决不了的问题。 ”