人参与)穆巴拉克执政后，立即释放了萨达特被暗杀前数月大规模拘捕的穆斯林兄弟会成员。他改变了前政府对兄弟会的高压政策，转为怀柔攻势，对宗教势力进行分化瓦解。穆斯林兄弟会虽坚持实施伊斯兰教法、建立伊斯兰国家等宗旨目标没有改变，但也进行了相应的调整，同意以和平政策为基础，放弃暴力革命，愿意参与议会政治、建设伊斯兰经济及促进市民社会发展。但穆巴拉克始终没有给予穆斯林兄弟会建立政党的权利。
1991年，伊斯兰拯救阵线在阿尔及利亚大选获胜，这给了穆巴拉克很大的教训。根据一位穆斯林兄弟会领导人的说法，穆巴拉克“多次宣布他不会重复（阿尔及利亚）错误给予伊斯兰主义者官方参与政治或参加到民主选举的权利”。阿尔及利亚大选的结果加强了他的判断，如果允许自由和公正的大选，那就很可能意味着他的政权得不到席位。
萨达特在其统治后期曾说：“想从事伊斯兰教的人应该进清真寺，想从事政治的人应通过合适的机构。”这与西方“上帝的归于上帝，凯撒的归于凯撒”的说法含义相同。
但伊斯兰教没有发生类似西方基督教那样轰轰烈烈的宗教改革运动，因此伊斯兰教并未从社会政治生活中撤退。伊斯兰教从来就不只是作为个人信仰的纯粹宗教，而是规范社会的政治、经济和文化制度的庞大的无所不包的文明体系。如毕健康所说：“伊斯兰仿佛是一口巨大而无形的泉眼，蕴藏着取之不尽、用之不竭的资源和能量，在社会历史的发展进程中转变成各种宗教社会运动。”
《埃及史》的作者瓦蒂吉约蒂斯曾在其著作中评论萨达特的困境：“开放”政策“只是一段幕间插曲——一个失败的试验”，“埃及现在需要的是这样一种政治秩序，它能把这种经济政策容纳其间。生活在勉强糊口水平上的人已超过400万，在2000年将达到6000万～7000万”。萨达特似乎解决不了这个问题，原教旨主义则开出药方，他们说：建立一个“伊斯兰国家”，如同伊朗已经建立的那样。
30多年后，穆巴拉克也面临着和萨达特相似的困境。他的“政治秩序”也无法容纳那些社会问题：既无法缩小两极分化，也无力每年提供100万个就业岗位。
贫困人群与失业阶层成为政治动荡的群众基础，而宗教激进主义则提供了思想资源与组织能力。
迄至纳赛尔主义，埃及振兴的路都是世俗主义的路。埃及以世俗主义的方法图强振兴，取得了伟大的成就，也经历了巨大的挫折。在伊斯兰的思想意识中人们一向认为:凡胜利都是追随伊斯兰的结果，凡失败则意味着背离伊斯兰精神。从阿里以来，每当遇到挂折，就有人把责任归罪于当权者，说他们的迷误导致埃及失败，而世俗主义是失败的思想根源。每一次失败似乎都为伊斯兰精神提供了新的证据:如果遵从主训，何以遭受失败?然而在埃及振兴的过程中，现实却遵循着世俗主义的方向发展，掌权者可以有不同的指导思想和发展战略，但世俗主义倾向却始终如一。不膏如此，世俗主义在每一次失败后反而更加强了，从阿里到“自由宪政”再到纳赛尔都是这样。
原教旨主义在埃及不断发展，虽说国家政策失败是直接的原因，但政治与宗教始终不分开却是根本的原因。伊斯兰传统中政教不分，“乌玛”包容一切。这一文化传统影响到埃及的现代化，使其颇多周折。
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