由于恐怖威胁的增加，美国和墨西哥开始改革两国的国家安全关系，重点是防止两国边境沿线的重要设施遭受恐怖袭击。

　　成立六个工作小组

　　两国反恐专家达成共识：九一一恐怖袭击说明应该重新评估美国和墨西哥的安全关系，而两国安全关系改善的步伐极其缓慢，并受到政治敏感性的破坏。为了保护两国的利益，美国国土安全部及其墨西哥同行――调查与国家安全中心于2003年成立了六个工作小组，其任务是保护美墨3218公里边境沿线的重要设施。

　　据美国国土安全部副部长弗朗西斯·潘乔·金尼介绍，这六个小组分别负责健康、能源、水、电信、农业和交通。其目标是建立易受攻击的系统的清单，并根据风险级别的先后进行排序。尤其是确定一旦被恐怖分子圈定，这些资源中最大的威胁是什么。迄今为止，六小组筹划指导委员会已经先后会面了四次，最近一次是于今年2月，地点在墨西哥城。

　　两国考虑的安全重点不同

　　不过，据美国国际战略研究所的报告透露，其实，双方边境都存在脆弱的政治，即不信任是美墨双边合作的最大障碍之一。墨西哥对主权问题尤其是对其强大的北方邻居比较敏感。墨西哥认为安全威胁是由美国“出口”而来，美国向墨西哥转移了安全负担。对墨西哥政府来说， 与美国太接近可能意味着一种政治负担。

　　美国关心的还包括共享属于私人公司的信息。墨西哥边境地区的几乎所有设施都由政府所有，而美国大约90％的设施都在私人手中。再加上由于墨西哥各级政府和执法机构的腐败现象极其严重。尽管两国执法部门在追捕逃犯、货船登记和禁毒行动方面的合作增加了，但是，两国整体国家安全形势表明，其长长的陆上边境线容易受到袭击，两国之间还没有任何对付大型跨边境恐怖行动的国家协议，相关部门之间几乎没有任何联合计划和协同能力。

　　报告指出，恐怖分子试图间接损害美国而可能圈定的墨西哥重要设施包括石油和天然气开采设施、管道、供水系统以及发电站等。2003年发生的一连串席卷美国东海岸和加拿大停电事故，表明了这些系统是如何跨越政治边境发生大面积故障的。

　　石油设施最易受攻击

　　在墨西哥边境无数设施中，能源设备是最危险的。比如，墨西哥超过一半的石油开采来自墨西哥海湾的坎塔尔油田，在这里开采的所有石油都通过墨西哥塔巴斯科州一个名叫波卡斯的小港口。 而美国大约15％的石油进口都来自墨西哥，这样，油田和港口就成了靠近美国边境最容易也是最广泛的袭击目标。

　　4月25日，伊拉克巴士拉的两处重要石油输出码头遭遇类似“科尔”号事件的自杀袭击，更验证了石油设施的脆弱性。当时，乘坐3辆满载爆炸物的小船企图撞击位于波斯湾的khawr al-amaya和巴士拉港口，在离两个港口大约3公里处设置警戒线的美国和伊拉克安全部队在这几艘小船接近之前进行了拦截。尽管两个港口没有在爆炸中遭受损害，但3名美军士兵在袭击中丧生。联军还在袭击发生后将两个港口的货运紧急关闭了一整天，延误了100多万桶石油的出口，结果，其成本提高了一倍。

　　军事和情报部门联系很少

　　而两国之间的军事和联邦情报部门之间却没有成立这类对等部门。墨西哥的制度问题――结构、历史和政治问题，妨碍了两国之间的这种转变。墨西哥还没有在法律上将“国家安全”定义为事关国家大事的厉害问题。该国共分36个军区，军区司令员负责管理本地军区的所有军队。 联邦一级警察和军队，以及联邦和州政府之间在历史上的不信任和缺乏沟通，阻碍了这些部门在发生危机情况下的合作力度。

　　在最近召开的一次会议上，美国北方司令部副司令爱德华·安德森讨论了美国和墨西哥之间的“复杂和具有挑战性的”关系，并呼吁在两国南部边境进行更加全面的合作。他称，墨西哥的军事官员观摩了美国北方司令部最近在萨姆豪斯顿堡举行的一场名为“统一防御”的反恐演习，标志着墨西哥已经开始对此产生以前一直缺乏的兴趣。“我们需要将北美防空联合司令部扩充为北美防御司令部，”他在最近举行的一次会议上说，“ 墨西哥还有些犹豫，但是我们并不担心，因为墨西哥最终会同意我们的想法的。”

　　当美国北方司令部成立之时，墨西哥政府在电视媒体上竭力显示自己与其之间的距离。专家们称，由于墨西哥军队拥有一个更加依赖老百姓的司令部结构，两军之间这种不同的习惯和体制对二者之间的这种合作没有任何帮助。