历经3个多月的调查后，1月17日，“3·19枪击事件真相调查特别委员会”（简称真调会）正式提交了调查报告，并得出结论：枪击案的动机应为“操作选举”。真调会建议“立法院”罢免陈水扁。
这份长达150页的调查报告共得出两个结论。一是陈水扁腹部的枪伤，不是去年3月19日下午在台南市金华路三段，用后来被查扣的铅弹头造成的。真调会发言人王清峰在记者会上列出了证据：被查扣铅弹头的温度、速度以及与皮肤接触的时间，不会使陈水扁的肚皮灼伤；铅弹头的温度，不会使陈水扁夹克有受热现象；铅弹头的长度、直径，不可能产生陈水扁腹部伤口的深度及长度；国际刑事鉴定专家李昌钰鉴定报告中关于陈水扁内外裤的穿法，与他平常出巡时外裤的穿法不符。调查报告同时指出，按照第一时间检查陈水扁衣服的医生们的说法，陈水扁当天所穿夹克没有破洞，夹克下边也无收口，因此子弹应在第一时间掉在吉普车上或路上；即使不是这样，在治疗时，把上衣往上翻，把内外裤往下拉时，子弹也应该掉下来。
根据这些证据，真调会得出了第二个结论：有关枪击案动机的种种假设，如谋杀和精神病患者所为等均不能成立，应予排除；“3·19枪击事件”应为“操作选举”。王清峰表示，陈水扁不顾“宪法”规定，刻意制造出当局违反法律的荒谬现象，应该被罢免。
调查报告出炉后，在政坛引起了一定反响。“总统府”指控调查报告“非常荒谬”。对此，国民党认为，这反映出陈水扁害怕“枪击案”真相被曝光，企图继续把持其“荒谬权位”。李昌钰则低调回应说：“我没有看到真调会的报告，所以不能做评论，任何一件事情当然见仁见智。”
不过，真调会在岛内影响力实在有限。它成立于2004年10月，一直受到当局全面抵制，没有获得任何经费，也无法检查物证、调阅资料。虽然12名成员付出了很大努力，但连在场采访的记者都认为，台湾没有几个人会看他们的报告。至于罢免陈水扁的提议，“立法院长”王金平表示，由于“立法院”本会期将于1月21日结束，恐怕无法处理此事。
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