美军在突击上岸时，虽然受到了一些抵抗，但很快就控制了滩头，建立起登陆场。在随后向纵深推进的战斗中，却遇到了日军的顽强抵抗，日军的防御阵地都利用天然岩洞或精心构筑的坑道，这些岩洞和坑道非常坚固，而且相互贯通，可以相互支援。美军的舰炮和飞机对这些阵地都无能为力，只能用火箭筒、炸药包和喷火坦克逐一将其消灭，因此进展非常缓慢，而且伤亡惨重。美军于10月12日宣布佩勒琉岛的战斗结束，但岛上的战斗仍在激烈进行，小股日军不断从岩洞里出来进行反击，佩勒琉岛的战斗一直到1945年2月才算基本结束。

　　安高尔岛位于佩勒琉岛西南六海里，岛上地形平坦，适于修建机场；乌利西群岛在佩勒琉岛东北三百海里，拥有可以停泊大批舰船的深水锚地，上述两岛由第81师负责占领。

　　9月15日81师到达帛琉群岛海域后，没有立即实施登陆。这是因为威尔金森担心佩勒琉岛战斗可以有困难，将其作为留船预备队，准备加入佩勒琉岛作战。至16日，虽然佩勒琉岛上的战斗并不顺利，但该岛面积狭小，不便展开更多的部队，因此威尔金森决定81师于17日发起对安高尔岛的登陆。

　　安高尔岛的日军为第59步兵联队第1大队，约1600人。经过美军连日的舰炮射击和飞机轰炸，日军的防御设施已经遭受了一定的损失。当美军81师第321团和322团从东、北两面发起登陆后，日军进行了反击，白白损失了有生力量，没有任何效果。日军残部退往岛西北角的岩洞，继续抵抗。美军于20日基本占领全岛，但肃清残敌的战斗一直持续到10月下旬。

　　81师323团则前往乌利西群岛，该群岛日军没有设防，323团于23日兵不血刃占领该岛。

　　当81师夺取了这两岛后，于23日以321团增援佩勒琉岛。

　　佩勒琉岛和安高尔岛的战斗仍在进行中，美军就已经开始了修建机场的工作。9月18日，佩勒琉岛上的机场就已经投入使用，可供美军在战斗中负伤的飞机紧急着陆。10月1日，机场基本竣工，成为陆战队第11航空大队的前进机场。安高尔岛上的机场于10月15日完工，开始进驻B—24重轰炸机。

　　就在美军实施帛琉群岛作战的同时，第3舰队的核心——第38特混舰队于9月21日和22日抵达菲律宾海域，对吕宋岛和马尼拉等地的机场和港口进行了猛烈的空袭，迫使日军集结在吕宋岛的部分军舰撤往卡拉延群岛的科龙湾。美军舰队紧追不舍，又于24日空袭了科龙湾，这几天的空中打击，不仅严重破坏了日军在吕宋岛地区的机场和港口设施，还击沉了日军7艘军舰和31艘运输船，使日军原已困难的海上运输雪上加霜。此外日军为第1舰队出击而储存在马尼拉的3万吨燃油也在空袭中被尽数焚毁，大大影响了日军以后的作战。美军舰队在完成上述空袭后，除以一个特混大队继续支援帛琉群岛的作战，其余三个大队返回前进基地进行补给和短暂休整，为即将开始的菲律宾作战做准备。

　　美军帛琉群岛登陆作战，取得了航空兵的前进基地，从该群岛起飞的飞机可到达菲律宾，为进攻菲律宾消除了侧翼的威胁。更重要的是获得了乌利西优良的深水锚地，为太平洋舰队提供了极其重要的前进基地和后勤基地，很大程度上可以代替马朱罗环礁和埃尼威托克，为美军的继续推进创造了极佳的条件。美军在登陆中阵亡1950人，伤8500人。如此惨重的代价，使得很多人认为有些得不偿失。

　　（四）

　　随着美军前期作战的顺利完成，进攻菲律宾的战斗终于开始了。

　　美军考虑到日军在菲律宾地区建有大批机场，其航空兵对登陆部队威胁较大，战役的胜负取决于制空权，因此决定以第38特混舰队的航母尽最大可能压制日军的航空兵。

　　10月6日，第3舰队司令哈尔西亲自率领第38特混舰队的三个大队分别从阿德米勒群岛和乌利西基地启程，10月7日在乌利西以西约375海里处与支援帛琉群岛作战的第4大队会合，四个大队共计航母16艘、战列舰6艘、巡洋舰17艘、驱逐舰58艘，舰载机约1300架。

　　10月8日，38特混舰队与海上补给部队在冲绳东南约850海里处会合，进行了一整天的海上补给，然后直扑琉球群岛。

　　10月10日到达琉球群岛附近海域，随即出动舰载机1396架次对琉球群岛日军的击沉和港口设施实施重点攻击。共击毁日机45架，击沉日军军舰22艘、运输船4艘。美军仅损失飞机21架。

　　10月11日，航母编队南下，出动60架次空袭吕宋岛北部的阿帕里机场。还派出数艘巡洋舰炮击马库斯岛，作为佯攻。傍晚从海上补给部队补充了61架飞机，并进行了海上加油。然后转向西北，以24节航速直驶台湾。

　　10月12日，航母编队共出动1 3 7 8 架次空袭台湾。使日军的飞机和机场设施遭到很大损失，美军在空袭中损失飞机4 8 架。当晚日军先后出动百余架次飞机进行了多次反击，没有取得任何战果。

　　10月13日，美军航母编队继续袭击台湾，全天出动974 架次。日军飞机在反击中击伤“堪培拉”号巡洋舰，有一架日军飞机被击中后坠落在“富兰克林”号航母甲板上，引起了火灾，使其受了轻伤。

　　10月14日，航母编队出动246架次袭击台湾，为策应航母编队的的行动，驻中国的美军第14、20航空队，也出动100架B—29重轰炸机空袭台湾。全天美军损失飞机33架。

　　日军起先想保存实力，故而按兵不动。但几天来损失巨大，而且联合舰队司令丰田副武海军大将错误判断美军将对台湾发动进攻，便使用部署在九州至菲律宾一线的岸基航空兵投入反击，丰田本人亲自前往台湾坐镇指挥，并抽调部分舰载机转到岸上参战，先后组织了三次大规模反击，出动飞机共计430架次，爆发了史称为“台湾空战”的激烈空战。由于日军飞行员大都是刚刚毕业的年轻学员，加上燃料供应不足致使飞行训练极不充分，飞机性能也落后。所以升空作战的日机损失惨重，有312架被击落。目睹空战实况的日军第二航空队司令福留繁中将哀叹：“这是鸡蛋撞石头的战斗。”

　　截至10月18日，日军谎称击沉美军航空母舰11艘，战列舰2艘，驱逐舰1艘，击伤包括8艘航空母舰在内的24艘军舰。天皇还特令嘉奖。事实上美军仅有2艘巡洋舰被击伤，无一艘军舰沉没。丰田对这一战绩深信不疑，命令志摩清英海军中将率第2舰队出海追击。直到侦察机发现美军庞大的航母编队，才只好命令志摩舰队放弃追击驶往奄美大岛待命。

　　九天的连续空战，美军损失飞机102架，日军损失飞机1093架，在菲律宾的陆军第4航空军只剩200架，海军第1航空舰队仅存35架，在台湾的第2航空舰队尚存230架。战役尚未开始，日军就已经丧失了在空中的反击力量。美军损失飞机约100架。哈尔西于10月18日率舰队驶向菲律宾以东海域，以便掩护即将开始的登陆作战。