侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆建馆以来，陆续编辑出版了大量的有关南京大屠杀的专著图书、照片集及电子出版物，特别是近几年，各类图书已逐步形成系列并初具规模，有的图书荣获了国家、省、市的各类奖励，成为各界欢迎的畅销书。

　　如《拉贝日记》、《东史郎日记》、《魏特琳日记》、《南京大屠杀图集》、《南京大屠杀幸存者证言集》、《南京大屠杀外籍人士证言集》、《侵华日军南京大屠杀暴行照片集》、《南京大屠杀档案集》、《南京大屠杀史料》、《南京大屠杀史稿》、《南京大屠杀图证》、《东史郎日记案图集》、《金陵血泪》、《金陵血证》、《南京浩劫的见证》、《侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆讲解词》、《千年之交的较量》、《侵华日军南京大屠杀史国际学术研讨会论文集》、《侵华日军南京大屠杀史学术成果交流会论文集》、《侵华日军南京大屠杀史最新研究成果交流会论文集》、《不屈的城墙》（诗集）等。此外，该馆编辑发行了《纪念馆工作简报》，被中央档案馆永久性收藏。与南京电影制片厂合拍有《南京大屠杀》电影；与南京市教委联合编辑摄制了《30万的控诉》录像片，被国家教委批准发行全国，作为中小学德育教育的辅助教材。