6月2日，持续了30多个小时的韩日警备艇对峙事件终于得以解决。在这起事件中，双方对峙一度升级，聚集的巡逻艇达13艘之多。尽管事件和平解决，但韩国媒体指出，韩日两国的紧张关系因此再度被伤害。

　　日本海警大打出手

　　5月31日晚，一艘韩国籍渔船“神风”号在距釜山市机张郡大遍港27英里处正捕捞鳗鱼。突然，两艘日本巡逻艇急向“神风”号驶来。日本巡逻艇声称该渔船进入了日本海域，并试图将其扣留。韩国“神风”号渔船见状加足马力向韩国方向驶去。晚11时35分，日本巡逻艇靠近“神风”号船舷，4名日本海警跳上“神风”号，打碎驾驶室玻璃，命令韩国舵手黄甲舜立即停船，并大打出手。韩国船长郑某及船员与日本海警发生搏斗，一名日本海警失足落海，一名韩国船员头部被日本海警打伤。

　　6月1日0时19分，“神风”号船长向韩国釜山海警厅紧急报警：“日本巡逻艇试图扣留我方船只。”30多分钟后，韩国海警蔚山警备艇发现了正被追赶的“神风”号渔船，并紧急停靠在“神风”号左侧船舷，为不让日本巡逻艇扣留，韩国海警将警备艇捆在了“神风”号上。随后赶到的日本巡逻艇也不罢休，将自己绑在了“神风”号的右侧船舷。隔着“神风”号，韩日双方开始海上对峙。

　　上午10时，日本海上保安厅所属警备艇抵达出事地点。到6月2日凌晨，双方巡逻艇已增至13艘，其中日本7艘，韩国6艘。韩日双方在对峙中均派出了3000吨的大型巡逻艇，双方对峙进一步升级，随时都有发生冲突的危险。

　　韩国向日本支付50万日元

　　为尽快解决双方对峙，使两国关系避免恶化，韩国外交通商部6月1日就韩日巡逻艇对峙事件，召见日本驻韩使馆公使山本荣二，要求日本立即解除海上对峙。

　　经过多次协商，6月2日上午11时30分，韩日双方终于就“神风”号事件达成结束对峙协议。根据协议，日方撤回巡逻艇，韩国方面则对“神风”号是否在日本专属经济区内进行非法捕捞等展开详细调查。韩国方面决定在对“神风”号调查后依法处理。日方巡逻艇已于当日中午撤回日本。在协商现场，韩国方面决定把“神风”号侵犯日本专属经济区和拒绝临时检查并逃走等事实写入承认书，因其行为违反了日本相关法令，“神风”号将支付日方50万日元。韩国政府在对“神风”号船长进行非法捕捞嫌疑调查后，将依法决定是否给予刑事处罚。

　　对峙背后有四点原因

　　韩国政府一位官员分析认为，这起对峙事件，表面上看是一起渔业纠纷，但实际上是韩日关系恶化的反映。

　　韩国一些专家认为，日本巡逻艇追捕韩国渔船的背景有四：一是“独岛”事件发生后，韩国对“独岛”（日本称竹岛）加强了戒备，使日本企图在海上的扩张受挫，为捍卫“专属经济区海域”，日右翼势力决心在“渔船”上给韩国一点颜色看，说明日本海上扩张的野心不死；二是日外务省事务次官谷内正太郎发表“美日情报不能与韩国共享”，挑拨韩美关系后，韩国政府曾提出强烈抗议，日本此次行为有报复之嫌；三是日本首相小泉6月中旬将访问韩国，双方首脑将举行会谈，“渔船越线”可让小泉在卢武铉面前能“强硬”起来，找到“敲打韩国”的凭据；四是韩国5月31日成立了直属总统管辖的“亲日反民族行为真相调查委员会”。该委员会将调查日俄战争到解放期间的亲日反民族行为，日本对此很是不悦，想制造事端泄愤。