在李金华的审计报告中，国家发改委由于投资管理方面的问题被五次点名，是这份审计报告中被明确指出问题次数最多的中央部委。

　　在审计报告的前半部分，李金华明确指出，“《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》要求在2004年开始实施的‘优质粮产业工程’、‘动物防疫体系工程’，国家发改委在年底才下达国债投资计划”；

　　审计署审计长李金华：抽查了国家发改委等部门2003年至2004年下达的县级和农村公路改造工程，发现安徽、陕西、贵州、河南、广东、四川、江西、山西、新疆9省区124个项目，以县级和农村公路改造、扶贫公路、旅游公路等多种名义重复申报，或多报建设规模等，获取中央补助资金13.2亿元。

　　报告指出，国家发改委在2004年安排的“中西部地区基层司法所”4亿元投资项目中，对非中西部省份安排了299个项目2048万元，不完全符合相关政策目标的要求； 此外，2004年，国家发改委在安排中央预算内投资304.5亿元时，直接预留74.8亿元，在已经审批下达的229.7亿元中，有40.3亿元可研报告尚未批复。在安排国债投资1480亿元时，有38%的国债投资直到第四季度才下达计划，造成13%的国债资金拖延到第二年才下拨。

　　报告又一次指出，2003年8月和2004年4月，国家发改委批准国家粮食局科学研究院科研楼项目立项、初步设计，其中包括所属国家投资项目评审中心办公用房2896平方米，安排中央基本建设预算资金6000万元。 ##同期 审计署审计长 李金华从审计情况看，中央预算管理中存在上述问题的原因是多方面的，既有长期积累形成的体制机制方面的根源，也有管理不到位、制度不落实等方面的因素。