不过，最能体现郁慕明“决不妥协”风格的还是他在国民党内与李登辉及“主流派”的斗争。李登辉上台后，在国民党内大肆排斥异己，对“台独”活动姑息纵容，引起了郝柏村等人的不满，从而在国民党内形成了“主流派”与“非主流派”的斗争。郁慕明及其组织的“新国民党连线”就是“非主流派”中生代的代表。

　　1992年国民党召开大会，当时的国民党秘书长宋楚瑜会前私下对郁慕明有所指示。他后来回忆说：“当我举手要求发言时，台上宋楚瑜脸上的表情镇定自若，他认为我会说出一番拥李有前途的话”。结果事与愿违，郁慕明竟然炮轰主席团，坚决反对“直选总统”，让“主流派”充分见识了“郁大炮”的威风。

　　从此他遭到李登辉更猛烈的打压，郁慕明痛感处境艰难，决意另组新政党。1993年8月，新党成立，他正式与国民党分道扬镳。

　　再出政坛重振新党

　　新党成立后气势逼人，扮演了台湾政坛关键少数的角色，可随之而来的“家变”却让其元气大伤，而这场“家变”的主角之一就是点子多、口才好、脾气暴躁的郁慕明。

　　1997年，由于在党内组织、决策机制和选举提名机制等问题上存在较大分歧，新党开始内讧。党籍“立委”朱高正批评时任新党秘书长的郁慕明“独裁”，郁则反称朱高正、李庆华和黄国钟等人“搞赤裸裸的权力斗争”，自此新党内也形成了“主流”与“非主流”之争，两派矛盾愈演愈烈，并一度上演武打场面，最后将朱高正开除才算了事。但开除朱高正并没有真正解决新党的内部问题，“家变”接连上演，多位创党元老断然离去，郁慕明也辞去了秘书长职务。元气大伤的新党在1998年“立委”选举中大败，郁慕明也未能逃脱落选命运。

　　落选的郁慕明“无官一身轻”，他与一些网络人士成立了“亚洲医药网”，摇身一变成了当红的“网络新贵”。不过，他并没有“逍遥”多久，面对新党支持者要求他“重返政坛”的呼声，2001年，他重披战袍，出马竞选“立委”。结果由于亲民党与新党票源高度重叠，新党在选举中再次惨败，仅一人当选“立委”，郁慕明也未能力挽狂澜。

　　痛定思痛，郁慕明开始了对新党的改造，进行党员登记，实行“主席直选”，要把新党打造成“刚性民主政党”，并极力促成国民党、亲民党和新党“三合一”，为“连宋配”成局积极奔走。备受争议的他能否带领新党走出困境，人们正拭目以待。