事故发生后，巴基斯坦总统穆沙拉夫和总理阿齐兹紧急下令调查事故原因。

　　穆沙拉夫对死伤者亲属表示哀悼，并且承诺将起诉因疏忽导致事故发生的任何责任人。

　　穆沙拉夫说：“很清楚，这不是一次破坏行动。我们将尽快展开调查，如果有任何疏忽行为存在，它必将得到应有的惩罚。”

　　政府官员说，现在确定事故原因还为时太早，但他们怀疑这是技术过失或人为疏忽所致。

　　巴基斯坦铁路部门负责人阿卜杜勒·瓦哈卜·阿万指责卡拉奇快运列车的司机误解了信号。他说：“我们所知道的是，这不是由技术过失造成，而是由于人为因素。撞击的发生是因为卡拉奇快运的司机误解了一个信号，于是撞上了正停靠在车站的奎达快运。”

　　铁路部门高级官员朱奈德·库雷希也同意阿万的观点：“他（卡拉奇快运列车司机）要么是忽略了红灯，要么就是打了个盹。”这名司机的尸体已经被救援人员发现。