大有大的难处
首先，海上活动的航空母舰编队中编配的舰、机，种类杂，数量多。以美国航空母舰战斗群为例，整个编队少则有七八艘各型舰艇，多则十余艘；这些水面、水下和空中的兵力一展开，纵横几十甚至上百海里海域，其雷达反射体多、反射截面大，而且红外、电磁、声响等物理场十分强，很容易被对方各种探测设施和器材所发现。
其次，航空母舰编队的物资消耗量大。通常1艘核动力航空母舰在无补给条件下只能连续运行12昼夜，而常规航空母舰则只能连续运行7昼夜。常规动力航空母舰及其舰载机每日的燃料消耗量分别达到了400吨和700吨，如按作战储油量不得低于满载油量70％的规定，美国航空母舰平均每4天就要补给一次。为了适应各种舰船物资补给的需要，通常航空母舰编队中需要配备1∶4的专用补给船，而这些补给船往往是对方的打击目标。
天候制约仍是瓶颈
尽管航空母舰本身可以经受较强的风浪，在12级风浪的海况下也能够航行，但航母上的舰载机易受到海况尤其是气象条件的影响。为此，美海军规定，航空母舰舰体必须在6级海浪以下、纵倾小于2度－3度、横摇小于4度－6度的情况下才能起降舰载机。一旦风力达到8级，海浪达6级－7级，大部分舰载机便难以起飞，此时仅有少数舰载机能够升空。即使这些飞机升空，发射武器也要受气象条件的严重影响。夜间作战能力下降也是航空母舰存在的一个弱点，夜间舰载机飞行员的飞行能力仅为白天的一半左右。还有一点不可忽视的是，即使美国航空母舰上的舰载机性能出色，单机作战力量强，但毕竟搭载和使用的飞机数量有限，难以应付敌多方向、多批次的频繁袭扰和攻击。
对付核潜艇仍是难题
进入新世纪以来，各种高新技术和新概念武器装备的问世与运用，使得核动力攻击型潜艇的隐蔽性、强大威慑力、远程核打击能力进一步提高，利用深厚海水和水下暗幕的有效庇护，核动力潜艇利用长时间的水下潜航，常能躲过对方侦察监视卫星和侦察飞机，以及无人机的侦察与监视，使对方难以实施搜寻和有效防范，因而具有难以捉摸的巨大威慑力和超强核打击力，而这一点正是航空母舰的“弱项”。很多人认为航母编队在海上行动中非常招人耳目，易遭到对方的袭击。而且航空母舰上的自卫武器相对较少，在遭到敌方饱和攻击时，常常难以招架，生存能力受到严重威胁。
此外，有专家认为核动力攻击潜艇是航空母舰的“最佳杀手”。虽说迄今为止还没有经过实战较量，但核潜艇固有的超常打击威力，再配上目前世界上较为先进的核动力攻击潜艇普遍采用了先进的消音降噪技术，使得它在水下航行时发出的噪音极小，很容易融入海洋背景噪音中，常令航空母舰编队难以探测、跟踪与反击。而且，当今世界各国的核动力攻击型潜艇携带的潜射反舰导弹和鱼雷达20枚以上，攻击力极强。哪怕只有一两艘突破航母反潜警戒圈、到达攻击阵位，就足以对航空母舰产生相当的威胁。由于航母自身的防御能力相对不足，在一定条件下，多艘核潜艇仅凭自身携带的反舰导弹和鱼雷，即可对航空母舰展开饱和攻击，使航空母舰防不胜防。
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