“神舟”六号飞船总体设计上继承了“神舟”五号方案,整船仍然维持13个分系统加供配电和电缆网的系统配置。即:结构和机构分系统、制导导航和控制分系统、热控分系统、电源分系统、测控与通信分系统、数据管理分系统,着陆回收分系统、环境控制与生命保障分系统、推进分系统、仪表照明分系统、应急救生分系统、航天员分系统、有效载荷分系统。
这些分系统担负着为航天员正常生活、正常与地面通信联络、飞船正常运行和返回着陆等本次任务所需的各种任务。
结构与机构分系统的任务是:承担完成飞船结构构型、承载与支撑、结构密封与放热、连接与分离、着陆缓冲任务。
制导导航(GNC)分系统的任务是:承担对飞船的姿态稳定和控制、变轨和轨道维持、应急救生和应急返回、留轨运行时的姿态控制、轨道保持、对地和对日定向控制等。
该分系统充分继承了“神舟”一号至“神舟”五号飞船研制和飞行的经验,分别完成载人状态自主飞行段和留轨段控制任务。
热控分系统的任务是:保证飞船各舱段设备、舱内壁及结构部件所要求的温度条件,与环境控制与生命保障分系统共同保证返回舱的空气温度;实现船上废热向外部的派散;在返回段和着陆后为控制返回舱空气温度提供必要的热环境等。“神舟”六号飞船的热控分系统的状态基本上与“神舟”五号相同,根据有效载荷的变化情况进行了相应的调整。
电源分系统的任务是:负责“神舟”六号飞船在等待发射阶段、上升段、运行段、返回和着陆段等各个飞行阶段以及留轨利用期间,向飞船安全、可靠地提供所需要的电能。
“神舟”六号飞船的电源分系统充分继承了过去飞船的成熟技术,在“神舟”五号基础上,对主电源和留轨电源的太阳帆板进行了进一步改进。
测控与通信分系统的任务是:提供测控通道,对飞船进行跟踪测轨、发送遥控指令、注入数据采集传输遥测信息、传输下行电视图像和通信、发射着陆信标信号等。
“神舟”六号飞船测控与通信分系统方案设计充分继承了“神舟”五号飞船的成熟技术以及设备状态,取消了个别设备。
数据管理分系统的任务是:飞船系统间数据交换,存储飞船重要数据,支持逃逸救生和自主应急返回等。“神舟”六号飞船该系统方案基本上维持“神舟”五号飞船状态,其功能和性能指标在五次“神舟”飞船飞行中得到了考核。“神舟”六号飞船该系统对于应急数据记录器(黑匣子)进行了小型化和记录容量的扩充。
回收着陆分系统的主要任务是:利用降落伞稳定再入大气层返回舱的运动状态,减低返回舱下降速度,最后通过着陆缓冲等手段,保证航天员软着陆。
返回舱着陆(着水)后,回收着陆分系统同时还具有提供闪光和海水染色两者标位手段。
“神舟”六号飞船回收着陆分系统技术状态基本上保持了“神舟”五号的状态,根据任务需要,对降落伞系统进行了减重设计,对部分程控程序进行了改进设计。
环境控制与生命保障分系统分任务是:控制密封舱大气总压和氧分压、提供航天员所需要的环境、为航天员提供饮用水、收集处理航天员的废物、具备压力应急能力等。
“神舟”六号飞船环境控制与生命保障分系统主要实施方案与神舟五号相同,针对“神舟”六号飞船2人5天的情况,进行了系统配置的优化,增加了少量的消耗品储备,同时。将首次实施轨道舱的饮用水管理、食品管理、废物收集管理等生活保障功能。
推进分系统的主要任务是:飞船在轨飞行时,提供变轨、轨道保持、姿态控制、制动所需要的动力以及飞船上升段大气层外空逃逸的动力;飞船返回再入段,提供返回舱姿态控制动力;返回舱着陆前的推进剂排放和高压气体排放;飞船自主飞行结束后,提供轨道舱留轨飞行的轨道保持、姿态控制所需要的动力。
“神舟”六号飞船推进分系统的任务与“神舟”五号相同,系统方案无变化,且已经过“神舟”五号飞船飞行的考验,只是从提高可靠性角度对产品进行了改进设计。
仪表与照明分系统的任务是:显示飞船全过程需要航天员监视的各种信息和报警功能、为航天员实施正常操作、人工故障处理、自主应急返回的指令输入和信息显示等提供支持、为航天员提供工作和生活照明等。“神舟”六号飞船该系统取消了针对“神舟”五号一名航天员的相关配置,改为两名航天员的配置,在此基础上完善了保险设计。
应急救生分系统的任务是:应急救生分系统在运载火箭或飞船故障时能采取紧急措施保证航天员的安全。
“神舟”六号飞船应急救生分系统与“神舟”五号相比,增加了提前返回的飞行程序,调整了自主应急返回落区、调整了在数据管理分系统失效的情况下的手控半自动返回程序。
航天员分系统的任务是:为航天员提供航天服设备、医监设备、航天食品和饮用水、个人救护装备、防护装备、飞行文件、医保用品和工作生活用品等,同时提供用于座舱力学、空间辐射、氧、二氧化碳、一氧化碳等测量设备。
有效载荷分系统的任务是:搭载一批科学试验设备和配电器、总线控制器等公用设备。