“神舟”六号航天员的作息时间安排跟地面一样，基本上是按照八小时周期来安排。为保证对飞船的监控，“神舟”六号的航天员是采取两人轮流休息，轮流工作，倒班的办法进行的，就是始终保持有一名航天员在返回舱值班，另外一名航天员在轨道舱内睡觉或做试验。
飞船在起飞和返回的过程中，两名航天员都是呆在返回舱，在返回过程中，在必要情况下，对飞船进行手动控制。航天员进入轨道舱中都要做些什么呢？航天员的衣食住行基本上都是在轨道舱里进行的，只有起飞后和返回前的饭是在返回舱里吃的。在航天飞行中所要使用的物品、食品和食品加热装置等大部分都放在轨道舱里，返回舱只放置在飞船上升段和返回段临时使用的一些设施。“神舟”六号飞船所开展的科学实验都是在轨道舱里进行的。
天员返回的时候要经过几道难关？地面如何帮助他们克服这些难关？
航天员返回的时候，首先要确保舱内的密封性。一方面我们舱门设计要非常可靠，另外一方面要着航天服，保证万一在泄漏的时候不会影响航天员的安全不会危及生命。这是第一个。其次，做好再入防热的热处理。返回舱在返回的过程中，因为速度比较高，飞船主要是靠大气阻力来减速，所以这个时候表面的温度非常高。“神舟”飞船经过五次飞行试验，验证了防热设计是非常好的。即便是在外壁温度在一千度以上，舱内的温度一般也就在20多度，不会超过30度。这是热的环境。第三，应对舱内的过载环境。飞船正常返回时，航天员经受的仅仅是三倍体重的重力，即：3个G的压力，相对还是比较舒适的。但是故障的时候，有时会出现十几个G这种情况。一方面航天员要做耐受性训练。通过耐受训练，应该说也是能够满足要求的。第四，控制旋转环境。在返回舱开伞过程中可能返回舱会旋转，在这种情况下，一方面需要飞船设计者要采取“减旋”控制措施，使旋转速度不超过允许的范围。另一方面，航天员本身要做这方面的训练，通过两方面的努力，旋转环境是可以克服的。第五，战胜噪声环境。在飞船发射过程中，运载火箭的噪声非常大，舱内的航天员会感到心烦不安，飞船在返回的时候，由于大气的作用和一些火工品的工作，同样也会产生强烈的噪声。为此，飞船研制者采取了大量的降噪的措施，保证航天员的的耐受。经过“神舟”五号杨利伟的体验，舱内噪声环境是非常理想的。第六，减小着陆冲击。应该说“神舟”飞船虽然有降落伞，但是在着陆反冲发动机不工作的情况下，返回舱撞地的速度还是比较快的。正常的时候返回舱底部的反冲发动机会大大降低返回舱撞地的速度，使返回舱以每秒1米的速度落地。但如果反冲发动机出现故障不能正常点火工作的时候，怎样减小对航天员的冲击呢？“神舟”六号在“神舟”五号的基础上做了不同的速度，不同的姿态，不同的速度方向的更全面的试验，进行了技术改进，保证了三个航天员的位置都能有一个比较好的冲击环境。
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