吕秀莲在代理民进党主席期间，因工作太“积极”，不断有“越权”之举，而现在吕秀莲又面临同样的批评了。据台湾媒体报道，吕秀莲上周邀女性军官座谈时，大谈台军人事、待遇等问题，被批有侵犯陈水扁所谓“台军统帅”之嫌。不过陈水扁办公室似乎已“习惯”吕秀莲的举动，“不便反对和表示意见”。

　　据报道，吕秀莲已经与台军女性军官举行过两次座谈了，第一次采用茶叙方式，未对外公开，而第二次则是开放媒体采访。据悉，吕秀莲在座谈会中，要求被邀请的女性军官就台军性别待遇等问题发表看法。吕秀莲还要台军主管人事的相关官员以现场女军官的发言作参考。

　　据称，吕秀莲此举引发了陈水扁办公室以及台当局“国防部”的议论纷纷。舆论指出，军方不同于其他行业，有其配套的军纪、待遇等，而吕秀莲以“长官”的身份要求军中人事主管听取女性军官意见，究竟采纳这些意见与否颇令台军伤脑筋。

　　此外，经常不按牌理出牌的吕秀莲此次邀请女性军官座谈，台当局军方文宣系统竟然“完全状况外”。台媒称直到当天行程公布之后，台军相关部门才知有此事，但碍于吕秀莲的“副总统之尊”，不便阻止。

　　另外，台媒表示，虽然吕秀莲的举动有侵犯陈水扁“台军统帅权”之嫌，但陈水扁办公室则似乎已经“习惯”了吕秀莲的举动，为维持“和谐”局面，“不便反对和表示意见”。