冯健亲教授坚持以教学促进科研、以科研丰富教学的治学思路。他提倡高等艺术教育应该注意克服重技能技巧、轻文化理论，重经验积累、轻科学研究的片面倾向，在艺术教育转轨、教学模式创新、课程体系改革等方面作出了不懈的探索，先后发表科研论文50余篇，其中《试论艺术教育中的两个怪圈》、《关于完全学分制的思考》等文曾被多家报刊转载，2002年出版《冯健亲艺术·教育文集》。

　　冯健亲教授坚持创作反映时代精神、体现民族传统和贴近群众生活的艺术作品。他注重汲取传统营养，深入生活实际，创作了大量的优秀作品，油画和漆画作品参加1974年及第6、7、8、9届全国美展，油画《南京长江大桥》为中国美术馆收藏，漆画《春满中山》获第六届全国美展铜奖并为中国美术馆收藏；漆屏风设计《唐乐馨香》获中国工艺美术百花奖二等奖并为中国工艺美术珍品馆收藏，1981年在江苏省美术馆举办首次个人画展，1999年至2001年分别在南京、上海、苏州、常州、海宁举办个人或师生画展，1995年、2003年分别在日本、美国举办个人画展；出版《冯健亲作品集》、《素描》、《绘画色彩论析》、《色彩》、《冯健亲画集》、《走向黄山——冯健亲回顾展》等画集。