虽然早期的轰炸破坏效果甚微, 但是, 它却产生了巨大的间接效果。它们迫使日本人疏散其飞机制造工业, 因而大大地减少及延缓了其飞机机体和发动机的生产, 甚至新型机的开发进度。例如: 一九四五年初, 日本陆军和海军都拼命在开发新的攻击机, 用于攻击 B-29 以及即将入侵日本本土的盟军舰队。其中一种是德国于一九四五年初将梅塞希密特喷气战斗机的设计蓝图密交给日本开发部, 日本加以仿制而制造出来的“橘花”战斗机。一九四五年一月二十五日, 日军开始评估其飞机的性能, 并着手开始建造第一架原型机, 但是由于 B-29 的空袭行动, 研制“橘花”的东京工厂被疏散至首都郊外的农场棚屋内直到四月才又开始其研发的工作。六月二十五日生产出第一架原型机, 八月七日----日本投降的前夕----换上新发动机进行了第一次的试飞。虽然这种飞机和其它的新型日本飞机不太可能去扭转战争的局势, 但是, 不容否认的是, B-29 的空袭瓦解或疏散了约一百家日本的飞机制造厂。美国战略轰炸研究小组发现,这一举动比直接空袭造成的效果更大。

　　陆军战略轰炸的参谋阿诺德以及诺斯塔德并不知道这一中断生产的成度, 一九四五年三月之前, 由于只看到轰炸之后侦照所得到的有形资料, 他们开始担心 B-29 并未达到原先宣传的那种效果。轰炸效果不佳的原因, 由机组们在回航后的任务简报所规纳出来的原因: 最常见的是天候不佳, 包括狂风, 有时狂风时速高达一百八十里, 使精确轰炸变得极为困难; 另外就是频繁的云雾使得目标难以看清, 使机组人员十分恼怒。高空轰炸也削弱了 B-29 的轰炸效果, 因为在两万五千尺甚至更高的高度上, 飞行需要大量汽油, 所以只能携带较少的炸弹。事实证明, 日军的反击只是轰炸效果变差的一项间接原因。一九四四年十一月至一九四五年三月, B-29 在执行战斗任务中总共损失了七十八架, 其中有五十三架是由于机械 (主要是发动机) 的故障, 而不是敌军的攻击。

　　三月初, 当李梅重新评估局势, 并与联队指挥关和参谋人员讨论如何给日本更沈重的打击时, 想出了一个重大的战术变化。他决定在下次的任务中, 拆除轰炸机上所有的枪炮炮塔以及弹药 (只留下尾机枪手, 只准向地面的探照灯射击,并观察轰炸结果) , 以减轻 B-29 的重量, 另外也减少载油量 (高空比低空耗油) , 以携带更多的燃烧弹, 并在五千到六千尺的低高度间展开夜间轰炸。飞机将单独各自飞行, 而非密集的编队飞行, 由前面的轰炸领导机首先开火, 引入目标区。