经过6年起步阶段的建设，海南生态省建设有了良好的开局，构筑了生态产业发展格局，在经济保持快速增长的同时，总体环境质量仍保持良好。
不过，生态省建设面临的问题也不少，比如，破坏生态的现象禁而不止，环保欠账太多，生态省建设所需要的人才和科技等智力支持不足等。
现象：滥杀保护动物、毁林开发、滥采珊瑚……
症结：重发展轻保护，以牺牲环境为代价换取经济增长
今年6月8日和21日，10多名不法分子在临高县海域盗捕国家二级保护动物白蝶贝，被当地渔政执法人员逮住。类似这样的乱捕滥杀保护动物、毁林开发、滥采珊瑚等现象在海南部分地区屡见不鲜。
省国土环境资源厅厅长林诗銮分析说，一些基层干部的认识误区产生了不少的负面作用，他们总以为海南环境质量好，容量大，根本不把环境污染和生态破坏当回事，重发展轻保护，重建设轻治理，结果造成了以牺牲环境为代价换取经济增长，一些项目的布局和建设缺乏生态保护制约措施等怪现象。更有甚者，个别企业采用粗放型生产方式导致的生态破坏和环境污染，已经使一些地区的生态系统遭受破坏、环境质量下降。
毁林挖塘、采钛，导致沿海防护林带有近250公里的断带，沿海国家特殊保护林带断带长度占宜林海岸长度的22.4%，全省占用林地挖建高位养殖池毁坏海防林和红树林面积达2.1万亩。去年公布的10大毁林案件毁林面积近4000亩。人工采矿和采挖珊瑚破坏了海岸植被，导致海岸带局部生态退化，我省遭受侵蚀的海岸线长度约300公里。
生物多样性也面临着威胁，在过去的40年当中，至少有6种植物已经灭绝，常见鸟则由100多种减少到30多种，沿海14个主要经济鱼类资源都不同程度衰减或消失。
还有一个问题应引起我们的警觉，白色污染与地力衰竭是大棚农业发展过程中暴露出来的两大问题。留在田间的农田地膜、香蕉套袋等塑料废弃物随处可见。有关专家认为，这些膜会严重破坏土壤结构，造成地力大幅下降，而且这种污染长时间内无法消除。还有，过量使用农药、化肥造成的农业面源污染日益加剧，这是近年来新出现的环保问题。
现象：1/4环境监测站无法工作、生活污水直排入江海……
症结：环保投入仅占全省GDP的1.11%，低于全国平均水平
“投入不足导致我省环境监测工作滞后，迄今为止，全省没有一个监测站完成标准化建设，1/4环境监测站无法开展工作。”省环境监测中心站有关负责人对此忧心忡忡。
由于投入不足，城市环境基础设施及环境监测能力相对落后。目前，除海口、三亚两市建成污水处理厂外，其他城市（镇）仍为空白，导致城市生活污水未经处理就直排入江入海。南渡江、万泉河和昌化江等主要河流城镇段水质均受到一定程度的污染。
省环保部门提供的资料显示，全省部分江河水质有所下降，部分中小河流断面水质恶化。“十五”期间，我省河流综合污染程度有上升趋势，河流及湖库Ⅰ、Ⅱ类水质比例有所减少，受有机物及氮磷营养盐影响，我省集中式饮用水源地Ⅰ、Ⅱ类水质比例有所减少。
生活垃圾处理方面，除海口、琼海实现无害化处理外，其他城市的垃圾基本还是简易处理，对周边环境造成一定污染。
“十五”期间，我省对生态省建设和环境保护的投入虽比过去有较大增长，但与改善环境质量的要求还有较大差距。2005年，我省环保投入仅占全省GDP的1.11%，低于全国平均水平的1.31%。不少地方环境治理明显滞后于经济发展，该治理的不治理，边治理边破坏，造成环境污染加重。
另一尴尬局面是，环保机构及队伍建设无法适应现实要求，环保执法力量薄弱，执法手段落后，环保机构经费来源无保障，装备落后，应对突发性污染事件的应急处置能力较差。
现象：生态省建设缺乏人才和科技支持
症结：投融资机制建设亟待破题
省国土环境资源厅生态处处长韩艺师认为：“生态省建设是项系统工程，需要强有力的人才和科技等智力支持，海南在这些方面仍显薄弱。”
有关资料显示，在生态省建设综合指标中，海南的环境指标排在全国前列，但其他指标相对落后。其中，万人拥有大学教师数、中学以上学生占在校学生总数的比例、小学升学率，以及科学家、工程师占科技人员总数的比例，在全国排序第28位。
省长卫留成曾经说过：“经济的发展、社会的进步、环境的优化必须依靠科技，科技的发展依靠人才，人才的培养归根结底要靠教育。实施科教兴琼战略，是增强海南可持续发展能力建设的有效之举。”
省委、省政府已意识到这一问题的严峻性，加大了对科教事业的扶持力度。卫留成表示，海南今后的生态省建设应大力攻破社会管理和科技教育等薄弱环节，提高海南整体教育水平和全民文化素质，力争在2020年达到全国中等水平。尽快消除全局发展中的社会“瓶颈”和智力“瓶颈”。
韩艺师说，从投融资机制来看，海南仍未形成一整套经济政策鼓励支持生态省建设，没有建立起引导资金。面对生态省建设对大量资金投入的需要，我们的公共财政支出结构如何进一步优化，社会化投融资机制如何进一步建立和完善还没有真正破题。生态省建设工作中的一些深层次的问题仍未有实质性突破。 | 
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