吴淑珍被比喻成“权力比慈禧还大的西太后”，并被质疑每个弊案都有她的身影。

　　2004年“总统大选”前夕，潜逃美国的台湾富商陈由豪越洋发表公开信，揭露自己从1994年到2000年之间为陈水扁夫妇至少7次提供政治献金，总额3000万元台币，直指“总统府”是“黑金政治中心”，质疑扁身边核心成员是“反黑金最大讽刺”。吴淑珍怒告陈由豪“加重诽谤”，却已阻止不了陈由豪对扁政府“黑金疑云”开出关键第一枪。

　　之后，媒体踢曝吴淑珍利用子女户头操盘炒股，有回避财产申报法监督，漏税之嫌。投资基金股票准确率100％，每年进账300多万元，引发内线交易联想。

　　陈水扁2004年连任后实行财产信托，扁夫妇申报财产从1994年扁任台北市长前的1000万元，飙涨到2003年底的7000万元；股票市值从最初的55万增至3亿多元。之后传出扁嫂在财产信托后又进行股市交易近3000万，却未办理申报，“总统府”澄清，是“会计师疏失”。有传闻，她今年再买进4000万元基金。

　　今年4月又曝出扁嫂收受SOGO百货总值880万元购物礼券，介入SOGO经营权争夺战。

　　台湾媒体笔下的扁珍的关系如下：两人吵架后，阿珍把照片扔一地，低头收拾残局的是阿扁；在募款餐会上阿扁发表讲话，一时兴起打开话匣子说个没完，阿珍在一旁冷冷地说：“一分钟之内给我坐下。”扁就乖乖坐下。

　　而阿扁之所以如此纵容阿珍，全因21年前的一场“政治车祸”。1985年，陈水扁竞选台南县长期间，吴淑珍被拖拉机撞成腰部以下瘫痪。尽管拖拉机司机辩称当年的车祸是意外，但吴淑珍坚持那是政治暗杀行动。车祸导致阿珍一辈子与轮椅为伴，扁为此深感内疚。