明清时的水利行政管理在中央有两个机构，一个是六部（吏、户、礼、兵、刑、工）之一的工部，工部设四个司，水部是其中一个司。第二个是都水监，为独立机关，具体负责河道堤防、运河开挖、河道疏浚等工程施工和工程管理。清代河道总督下分道、厅、讯三级，分段管理。明孝宗年间，刘大厦奉命治理大运河，诏书中说：“古人治河，只是除民之害，今日治河，乃恐妨运道，致误国计”。

　　明清以前，各河运均有报汛制度。宋代洪灾较多，建立有防汛制度。北宋时还规定水位涨落情况要随时上报，如不及时上报决溢情况，可被判以重刑甚至死刑。明清以来，将水情分为桃、伏、秋、凌四汛，直到今天我们还是这么称谓。对于河堤防修也都有统一的律令，像黄河、长江还专门有单独规定。鸦片战争后，西方近代的水利科学传入中国，水文与防洪方面的理论与技术逐渐量化，水利法规也得以逐步制定。清咸丰十年（公元1860年），在上海就设潮位观测站，1865年在武汉设置水位站，随后全国各大河、大江都设有水位站、水文站、雨量站等。上个世纪有的省还设有水文总站，如湖南水文总站。