比三峡工程更巨大的南水北调工程西线工程，引发学界强烈质疑，指该工程可能“救了黄河，毁了长江”，同时也破坏青藏高原的生态环境。一些专家近期已上书温家宝总理，要求中央对此工程要谨慎行事。

　　比三峡工程更复杂的大陆南水北调工程，共有东线、西线和中线工程，其中，施工难度低的东线和中线已于2002年底开工。至于西线工程，虽然难度高，但也预定于2010年动工。

　　据国际在线报导，尽管中国水利部黄河水利委员会制作的“南水北调西线工程规划纲要及第一期工程规划”，2001年7月就经专家委员会审查通过，但直到2005年三月水利部在成都召开西线工程座谈会，才向外界公布内容。

　　今年七月底，这些对“西线工程”持不同意见的大陆学界和工程界专家，联名发出“南水北调西线工程备忘录”，公开对“西线工程”规画提出各种质疑。参与连署的专家包括学界和官员：中科院地质调查局青藏高原地质研究中心教授宝珺，四川省水力发电工程学会会长马怀新，四川省社科院西部大开发研究中心秘书长刘世庆以及国土资源部成都地质矿产研究所人员，水利部成都山地灾害与环境研究所、四川大学、成都理工大学、西南民族大学、西南师范大学等的专业资深教授等官员。

　　他们提出的质疑包括：“西线工程”的工程地质问题；青藏高原冰川退缩与西线工程调水量不足的问题；西线工程对青藏高原生态环境破坏的问题；对西电东送工程发电影响的问题；对调水区居民、生态补偿的问题；西线工程与宗教、文化、文物等保护的问题；西线工程投资和运作模式的问题；西线工程替代方案的问题等。

　　四川省社科院西部大开发研究中心秘书长刘世庆担忧”西线工程”，他质疑，“这会不会救了黄河毁了长江，甚至救不了黄河还毁了长江？”

　　四川省社科院顾问林凌等质疑“西线工程”的科学家认为，“西线工程”还应研究对青藏高原整体环境产生何种影响，会不会对大陆气候乃至亚洲气候带来不良后果。他表示，青藏高原目前正处于冰川退缩期，西线调水一百七十亿立方公尺有可能吗？他们认为，“西线工程”对区域生态的影响利弊得失，应有更详细的调查和研究。