东京大学的本科生教育分两个阶段进行：前两年为基础教育阶段，后两年为专业教育阶段。新生入学后，首先在“教养学部”学习人文、社会及自然科学的基础知识，时间为2年。学习的课程分为“教养学科”和“基础学科”两大类。“教养学科”又分为“综合文化”、“地区文化”和“相关社会科学”三组。“基础学科”分两组，第一组为数学、物理、化学、生物方面的基础课；第二组为边缘科学、社会科学与自然科学交叉的课程，如能源计划课、生态计划课等。然后，在各个学系接受后期专业教育。

　　对此，在大学二年级的上学期末，学生必须做出自己的第一、第二和第三专业志愿选择，由于每个系的学生存量有限，学生不一定都能被接收到第一志愿系科，因此各系根据前一年半的成绩来选定学生。学生进入各专业学习后，一边学习专业基础课及专业课，一边进入研究室参与教师的科研。学生除了平时到教室上课外，其他课余时间均在研究室学习或搞科研，这在日本的大学已形成制度，即使是专科学校也不例外。1991年以后东大更多地是通过贯穿于本科四年的通识教育学分课程来培养学生。

　　课题完成。日本大学生的前三年是课程学习，没有固定的教室，是流动式学习。一到大四，则进入到相应的研究室(相当于我国的教研室)做毕业论文，每天必须到研究室上班。每个研究室都有学生班长，负责考勤。学生完成毕业论文的时间是一整年，从查阅资料，写出开题报告，外出调研，设计实验方案，做实验，分析数据结果到整理论文都得在研究室完成。