1900年8月14日，八国联军攻陷北京，以慈禧太后和光绪皇帝为首的清政府经宣化、大同、太原于同年10月16日逃至西安。军机大臣赵舒翘也跟随逃到桑梓之地。当时陕西连年大灾，饥民甚多，地方官曾设“舍饭房”赈饥灾民。然而有些主管官员贪污赈粮，却给稀饭中暗掺石灰。赵闻知此事后，扮作贫民模样去排队领饭，受到掌勺小吏的严斥，他为了亲尝滋味、恭恭敬敬地恳求一碗。当尝出饭中确有石灰味时，才亮出自己的身份，并立即对主管官员严肃查处，并把这位掌勺小吏教育一番，放他回家为民。

　　而在北京，侵略者同清政府的代表李鸿章谈判期间，把刚毅和赵舒翘指为支持义和团的“祸首”，并坚持处以极刑。因刚毅已在西来途中死于山西侯马镇，赵舒翘自然首当其冲。

　　消息传来，陕人不服。1901年2月17日(光绪二十六年腊月二十九日)西安绅民三百余人向军机处为赵舒翘请命，愿以全城人保其免死。2月20日(光绪二十七年正月初二)，西安府城有更多的人为赵请命。在慈禧光绪住在(北院门陕抚衙门)附近的“鼓楼地方业已聚集数万人，有声言欲劫法场者，有声言如杀大臣(指赵)，吾等即请太后回京，又有看热闹者。军机处见人情汹汹如此，入奏太后不如赐令自尽，以免意外。

　　清廷怯于侵略者淫威，并没有因西安绅民的请愿而免赵一死。1901年2月24日(辛丑年正月初六)，清廷正式向赵舒翘下赐死之诏，并命新任陕抚岑春煊前往臬司监视。

　　随慈禧逃到故乡西安，一个实在不想死的人却终究难逃一死

　　一个强壮的生命在不愿意死亡的时候，抵抗力会有多么的顽强。即使按照联军的定罪条件，赵舒翘也不应该被判死刑，因为他在1900年的夏天并没有纵容义和团杀洋人的具体行为。因此，在西安的赵舒翘一直认为自己不会死。当他接到被定为“斩监候”的圣旨随后被押往西安衙门的时候，他也没有特别的悲伤，他认为这是朝廷向洋人做出的样子，等洋人们不再穷追不舍了，他就会被释放的。在关押期间他神态自若，在家眷们的侍候下，和在家里没什么区别。

　　但是，他等来的却是要定他“斩立决”的传闻。他坚决不相信。他知道慈禧太后必会为他说话。但是最后，朝廷决定“开恩”，由“斩立决”改为“赐赵舒翘自尽”。圣旨由岑春煊向赵舒翘宣读。军机大臣们想在最后时刻挽救赵舒翘的性命，急忙再次求见慈禧，于是负责监督死亡的岑春煊和赵舒翘一起就坐在关押他的屋子里等。

　　岑春暄对赵舒翘说：“赵军机，上谕在此，赐您自尽，要求下午五时回去复命，求您及早自决！”

　　赵舒翘本在地上跪着听谕，听到此言，一下子就瘫到了地上，问：“太后再没有别的旨意吗？”

　　“没有。”

　　“一定有的。平日里我对朝廷忠心耿耿，老佛爷对我也恩重如山……”

　　赵舒翘坚信肯定会有另外一个赦免他不死的圣旨来到，他是慈禧太后最宠信的大臣之一，军机处的大臣们也都是他交情不浅的朋友。派出去打探消息的手下人一拨接一拨，但是很快就都回来了，带回来的都是不可能赦免的消息。没有人敢把必死无疑的消息告诉赵舒翘，都说还是没有什么消息。赵舒翘一会儿情绪焦急地问又有什么消息没有，一会儿乐观地诉说自己不该死的原因，一会儿又命令人再去打探，一直折腾了六个小时之久。其实谁都看见了，所有打探消息的人全都在门口蹲着不敢进来。

　　直到时间已到中午，因为圣旨上有他死亡的时限，这些人商量好一起进来报告，赵舒翘愣了半天，就是不敢相信。他不断地问：“有圣旨到么？”最后他的夫人轻声说：“不会有圣旨了，咱们一起死吧。”然后拿出一包金子。绝望的赵舒翘犹豫很久，才含泪在岑春煊的监视下把金子咽了下去。在等待死亡时刻到来的过程中，这位大清帝国的忠臣竟然处在精神亢奋的状态中，他对人大谈自己死后应该如何料理后事，放声痛哭地诉说自己对九十多岁的老母亲的留恋，说：“高堂老母，不能亲养其老，送其终，是今生最大的憾事！”前来看望他的亲朋好友络绎不绝，开始的时候岑春煊怕出意外禁止亲友探望，但是他最终阻挡不住，只有盼着赵舒翘快死。而赵则对众人说：“我到今日之境地，完全是受了刚毅的拖累！”岑春暄听他说话声音雄壮清晰，丝毫不像快要死的人的样子，于是就命手下人给他鸦片。

　　但是，三个小时过去了，赵舒翘没有任何即将死亡的迹象，连肚子疼的现象都没有发生。岑春煊看时辰不早了，耽误了圣旨规定的死亡时间就是抗旨之罪，他也要受连累，于是递给赵舒翘一缸鸦片烟，让他喝下去。但是，喝了鸦片的赵舒翘只觉得浑身燥热，口渴难耐，不停地喝凉水。尽管他脸都肿了，痛苦地张牙舞爪，但到了下午依旧没死，而朝廷命岑春煊“下午五时复旨”。

　　到了下午四点，赵军机仍然没有死。岑春暄正在着急之时，李莲英来了。慈禧太后在行宫等消息呢，等不及了，就让李莲英来看看。李莲英对岑春暄很是看不上眼，见到他，没好气地问：“怎么这么慢呀，老佛爷都等不及了。”岑春暄只得把赵军机不愿死的事告诉了李莲英。李莲英又没好气地说：

　　“他不想死怎么办？你还想放过他？放过了他，老佛爷能放过你吗？洋鬼子能放过你吗？”说完，气呼呼地走了。

　　岑春煊于是又命令家人找来砒霜，心急火燎地灌进了赵舒翘的嘴里。

　　这回赵舒翘倒下了，他满地翻滚，呼喊不止，说他感到很难过。又过了一会，距离朝廷要求复旨的时间已剩不多，赵舒翘还是没有咽气。岑春暄非常着急，只得问他手下的人：“五点钟我就要去复命，可这人不肯死，你们看怎么办？”他手下一个尖嘴猴腮的小子说：“小人倒有个办法。把纸在烧酒中浸一浸，拿出来堵住他的喉管，闷死他得了。”岑春暄只能让人照此去办，大家一起动手，一共封了五次，每次都认为必定是死了，但赵舒翘就是还有气息。折磨一直持续到次日凌晨，赵舒翘死了。

　　赵舒翘被处决之后，官民众说纷纭，但皆认为属于冤死

　　鲍润漪著的《赵尚书被冤述略》里说，瓦德西入驻仪銮殿后在光绪帝的御案时发现了赵舒翘的一通不主张利用义和团的密奏。瓦德西连夜派人将此奏折送李鸿章，要李去电西安行在救赵。李鸿章又转送他人，相互推诿，“旋以刑期已近，恐电不及遂搁置灾，赵故罹于难”。另有轶闻一则谓，原拟“祸首”名单里并无赵舒翘。

　　而李鸿章的亲信幕僚某甲用一种危言耸听的理由唆使李把赵列入“祸首”名单，“李为之动”。因为赵舒翘在苏抚任内参罢了他父的官，某借此挟嫌报复。这两则资料均系孤证，不足为据。但至少可以说明赵舒翘之被“赐死”，当时不少人认为是冤案，还可看出赵舒翘之死是统治集团内部矛盾斗争的产物，更可说明帝国主义的要挟，连慈禧希望挽回亦无能为力。

　　清政府中对义和团的剿抚两种主张并无本质区别。一是直接镇压，一是曲线镇压，都是反动的。赵舒翘对义和团是有基本看法的，由于看风使舵、言不由衷而表现为游移于剿抚两派之间的假象，但不论怎样他还是站在义和团对立面的，基本立场是反动的。赵舒翘本非主抚派而终被侵略者当作主抚派惩办，这就是他蒙冤的实质。他的“冤”也只是在这个意义上讲的。

　　由于帝国主义的要挟和“主剿派”尤其是东南督抚的议论，慈禧对赵舒翘虽颇有袒护之意，但对其处理却不得不层层加码。原定“革职留任”，后改为“交部议处”，1901年2月3日再改为“暂监候”，最后定为“斩立决”；迫于西安绅民聚众请愿，为了避免意外终于易为“赐令自尽”。赵舒翘“终受大辟，实出外人要迫，并非太后之本心”。慈禧对于赵舒翘已处于爱莫能助的境地。另一面在《辛丑条约》中却明确提出：对主张镇压义和团而被慈禧处死的徐用仪、许景澄等五大臣“开复原官，以示昭雪”。“刑赏听命于人，何以立国哉！”“从未有若此案之迫于外敌，致令诸大臣翩翩毕命者。”所以被赐死，不仅说明在帝国主义尤其是英国支持下东南督抚势力渐次坐大，清廷权势下移，而更说明义和团运动失败后，清政府在帝国主义面前失去了最后的一点自主能力，彻底变为侵略者的傀儡。清朝已成为“洋人的朝廷”。

　　赵舒翘死后，江苏士民知其冤苦，亦感赵生前抚苏之政绩，汇银六千两助葬。根据赵之遗言——勿受人一钱，赵妻终未收受，后赵妻亦自尽以殉。“时论冤之”，“识者冤之”。关于赵舒翘之死，时人议论颇多，大皆谓赵死得极惨且冤。史馆编修叶昌炽在其日记中写道：“平心论之，展翁(赵字展如)之咎止于尸素而已，未可与刚(毅)启(秀)同科”。慈禧西逃时，曾在其身边办理支应的怀来知县吴永在其《庚子西狩丛谈》中记述更详。其中写道：赵舒翘之被赐死，“纯利润不能不谓之冤，青史是非，悠悠众口，吾尤愿为死者一洗之也”。当时在刑部任职的吉同钧确认：“当时好恶相蒙，百年后信史一出，必有能雪其冤者”。即使在清朝“上谕”中，论及赵舒翘之咎时只含糊其词地说：涿州查团“次日即回，未免草率，惟回奏尚无饰词”。

　　赵舒翘被赐令自尽后，慈禧也似有内疚。她多次同左右亲信谈及此事：“其实赵舒翘并未附和拳匪，但不应以‘拳民不要紧’五字复我”。“‘惟赵舒翘我看他尚不是他们(指载漪、载勋、刚毅等)一派，死得甚为可怜’，言至此泪下如雨”。迫令被戮诸臣中，“‘惟赵舒翘略晓事，但涿州复命时不应以拳匪无能为乱欺我’，因泣下沾襟”。