据台湾媒体报道，在岛内备受关注的“公务机要费案”经过4个多月侦调，11月3日终于结案。当天下午，台检察部门举行记者会，发言人向媒体证实，陈水扁妻子吴淑珍因涉嫌贪污1480余万元新台币，以及伪造文书罪被起诉；陈水扁和吴淑珍有犯罪的联络，但陈身为台湾地区领导人，有刑事豁免权，因此未被起诉。此外，前陈水扁办公室副秘书长马永成等3人，因涉及共同贪污、伪造文书和伪证罪被起诉。

　　“公务机要费案”始自今年6月底，检方依贪渎、伪造文书、商业会计法等罪，共进行120多天的侦查，期间检察官陈瑞仁两次讯问陈水扁，一次讯问吴淑珍。陈水扁提到以他人发票核销“公务机要费”是用于数宗“机密外交”，绝未中饱私囊。但检方认定，所谓6宗“机密外交”中只有两件属实，其余4件均为虚构或者不需动用“公务机要费”。吴淑珍则从亲友处收集衣物、珠宝、幼儿用品等生活消费发票，核销“公务机要费”，涉嫌诈取钱财。

　　起诉书指出，陈水扁与吴淑珍共犯贪污治罪条例的“利用职务上之机会诈取财物罪”，总共假借“公务机要费”核销机会，从2002年7月到2006年3月，连续诈取新台币1480．408万元。吴淑珍涉嫌贪污、伪造文书罪被起诉。陈水扁与吴淑珍有共同犯意之联络，但因陈水扁具台湾地区领导人身份，拥有刑事豁免权，因此不予起诉，待其卸任后可再行追诉。

　　起诉书还将另外几名涉案人员列为被告：前陈水扁办公室副秘书长马永成涉嫌伪造文书；陈水扁办公室第三局出纳陈镇慧涉嫌伪造文书、伪证罪；陈水扁办公室主任林德训涉嫌伪造文书、伪证罪。此外，涉案的曾天赐、李碧君缓起诉两年。

　　吴淑珍等被起诉消息传出，岛内一片哗然，舆论纷纷呼吁陈水扁辞职。

　　3日晚，国民党举行临时中常会。会议决定于11月5日下午在台北举行“终结贪腐　人民做主大游行”，号召民众积极参与游行，一起到陈水扁办公场所前要求陈水扁辞职下台。

　　国民党主席马英九介绍说，会议还决定，如果陈水扁不在48小时内下台，国民党将于下周在台湾“立法院”第三次提出罢免陈水扁的提案。

　　同日晚，亲民党主席宋楚瑜拜会马英九。宋楚瑜在会后表示，国亲两党“立法院”党团已经开始联署弹劾与罢免陈水扁案。他呼吁民进党必须对历史负起责任，和在野党一起要求陈水扁下台。

　　“台联党”主席苏进强表示，“台联党”在“立法院”第一次审议陈水扁案时曾公开声明，如果陈水扁与吴淑珍有涉及贪腐、弊案的具体事证，“台联党”将要求陈水扁下台。现在检方已认定陈水扁和吴淑珍有不法行为，如果泛蓝阵营第三次提出罢免陈水扁，“台联党”将予以支持。

　　岛内民众对此备感振奋，有人在“立法院”附近燃放鞭炮庆祝。沉寂一时的“倒扁”总部也士气大增，总指挥施明德宣布，将号召“倒扁”民众重返凯达格兰大道。

　　此外，为因应吴淑珍等被起诉带来的冲击，民进党中央3日晚召开临时扩大中执会，决定对吴淑珍等4名党员给予“停止党权（行使党员权利）”的处分，并将他们移送民进党中央评议委员会尽速处理。民进党中央还要求陈水扁立即对检方起诉书中列举的疑点，作出公开说明。

　　迄今为止，陈水扁办公室未就起诉书一事做出任何反应。