两国交恶1966年,苏哈托成为印尼政府首脑,放弃前任政府反西方立场,和美国关系趋好;1991年,美国指责印尼军队在一些偏远省份侵犯人权,两国关系交恶;1993年,美国禁止约旦向印尼出售4架美产F-5E战斗机,称因为印尼军队侵犯人权;1999年,东帝汶在独立前夕陷入各派冲突,局势失控,美国再次指责印尼军队侵犯人权,完全中止了与印尼的军事合作。
两国交好2001年9月,时任印尼总统梅加瓦蒂在“9·11”恐怖袭击后访问美国,表示对美反恐战略的支持;2003年10月,布什访问印尼,会见梅加瓦蒂;2005年5月,苏西洛访问美国,美国恢复向印尼出售不具杀伤性的军用设备;2005年11月,美国恢复和印尼军队正常关系;2006年11月,布什访问印尼。