由于医疗保险基金实行属地管理，各地的医疗保险层次、管理模式有所不同。

　　比如上海市的补充医疗体系，就由多层次构成：城镇居民医疗保险、小城镇（郊县）居民的补充医疗保险、外来务工人员的医疗保险、工会互助医疗保险（半政府性质）以及一些行业自己组织的补充医疗保险资金。

　　按照管理方式分，各地差异化更大。上海市城镇居民医疗保险中，基本医疗与2%的补充医疗保险由医保局管理，企业可自主选择、决定向商业保险机构购买另外2%列税外开支的补充医疗保险。

　　厦门则将医保费用单独划出一部分资金，作为补充医疗保险基金交给商业保险公司运作。

　　一些地区则由企业自主决定缴纳补充医疗保险，或由政府代管，或由政府转交商业保险机构，或由企业直接交给保险公司。

　　而原本没有基本医疗保险的农村，试点伊始，就直接实行了基金（不区分基本医疗保险和补充医疗保险）的商业化运作。

　　上海模式基本与补充“统办”

　　“上海的补充医疗保险，可以有两种理解：一是强制缴纳，并全部由政府自行管理;另一种则是政府管理与商业机构管理对半分。”两种理解都符合实情。按前一种理解，上海市的医疗保险基金由基本医疗保险基金和地方附加医疗保险基金构成。在职职工个人应当按其缴费基数（上一年度月平均工资）2%的比例缴纳基本医疗保险费（退休人员个人不缴纳），用人单位应当按10%比例缴纳基本医疗保险费，并按2%的比例缴纳地方附加医疗保险费。

　　而按照第二种理解，根据国家规定，“企业补充医疗保险费在工资总额4%以内的部分，企业可直接从成本中列支，不再经同级财政部门审批。”

　　由于上海市地方附加医疗保险基金的比例为2%，另外2%的免税比例，企业可以用于购买商业补充医疗保险，这部分资金由商业保险机构管理。“按照这种方式，也可以理解补充医疗保险基金由政府和商业保险对半分管。”

　　厦门模式险商“理”补充

　　1997年5月，太平洋寿险厦门分公司提出商业保险参与职工医疗制度改革的新思路，首创职工补充医疗保险。接着，厦门市政府按“政府主导、商业化运作”的原则，向全市推广了这种补充医疗保险的模式。

　　“厦门模式”使政府在补充医疗保险基金的角色，从执行者、管理者、监督者三位一体转化为资金监督者。其核心内容是：在原有的基本医疗保险基础上，以“集体参保”方式，建立职工补充医疗保险，超出封顶线部分的医疗费用，通过商业保险运作来解决。

　　该模式的具体方式是，医疗保险管理中心为投保人每人每年划出24元钱（从原有的基本医疗保险基金中划出，无需个人再掏钱），向商业保险公司投保，建立起职工补充医疗保险。于是，基本医疗保险的封顶线成了补充医疗保险的起付线。

　　据悉，2001年起，职工补充医疗保险的“厦门模式”在福建省城镇逐渐推行。每3年一轮，目前已是第二轮，人均每年商业保险的保费在35元至80元之间，保障的起付线在2.8万元至5.3万元，保险金额在10万至15万元。

　　江阴模式基金全部交给险商

　　2001年江阴市在全国率先实施农村住院医疗保险制度，建立了政府组织推动、保险机构专业化运作、卫生行政部门监管、覆盖全市城乡的农村医疗保障体系。

　　为了保证有大数法则，2002年8月8日，江阴市政府曾下发有关管理办法，规定“本保险属社会医疗保险”，并要求“全市各镇参保人数不得低于应参保人数的95％”。保金由政府、企业和个人共同承担。虽然是商业保险公司介入管理，江阴的农村住院医疗保险方案带有明显的社保色彩。

　　按“江阴模式”，保险公司按照基金总量，对农保基金实施方案中的起付线、分段补偿比例、最高补偿限额等重要事项进行精确测算。

　　到2004年底，江阴近100万农民中，已有超过99%的人自愿参加合作医疗保险。

　　“江阴模式”很快在江苏省扩展。根据公开资料，目前管理江苏农村医疗保险基金的商业保险公司有4家，全国接受保险公司农村新型合作医保服务的农民有一半在江苏。而仅江阴一个市，农村医保基金就已近上亿元。