作为相声泰斗级的人物，马季一直以教育和培养后人为己任，因为这种“爱护”和直言，他生前也遭遇到了几场不小的风波。

　　风波一：“牛马之争”

　　马季在出席广州相声演出前的新闻发布会时，对牛群不当县长，又回到相声界的做法提出批评，他说：“牛群现在有一种病态，这样下去他的身心都会受到影响。”此外，马季对牛群出尔反尔取消裸捐的事情表示：“这样做有炒作嫌疑。”

　　之后，马季做客《鲁豫有约》时讲述事情的真相。他说自己跟牛群并没有因这件事而“交恶”，相反，他还当牛群是“朋友”。“我说的那番话绝对是出于爱护，没想到传来传去，传到他耳朵里就变味儿了。后来，我们也交流过，知道这只是个误会，再以后，就没事了。”

　　风波二：“不务正业”

　　马季在无锡接受采访时说，现在不少相声演员“不务正业”，使得当代相声难出精品。马季感慨道，现在很多相声演员都不务正业了。“我的弟子中就有开网站的，有拍电影的……这些个在全国都有影响的相声演员全捣腾这些了，也就不可能有精力去搞什么创作了。就说办网站的那位，已砸进去3000多万了，整天就只想着怎么弄，这样的状况下你能指望他有精品出来吗？再有就是现在的相声演员整体文化素质不高，一些人仅仅把说相声当成一种谋生手段，他们光顾着自个儿点钱时乐了。”

　　风波三：“师徒恩怨”

　　马季在做客《鲁豫有约》时，曾“破天荒”地说起与师傅、已故相声艺术大师侯宝林的恩恩怨怨，并首次谈及社会上广为流传、关于他在“文革”期间曾经批斗甚至动手打过侯宝林的传言。

　　当时，有一次大会批斗侯宝林，说其创作的《寸步难行》有问题。侯先生就说：“那个节目是马季写的。”然后马季上台被批斗。如是反反复复，总共四次。十年动乱结束后，人和人之间的关系慢慢变得正常。马季回忆道：“侯先生对我说：‘马季，到香港之后，我的段子你都可以演。’说这话是第一次给我开绿灯，对我满意了。”

　　曾经有传说，“文革”时马季打了侯宝林。有人就这个问题问过侯宝林，侯先生也不正面回答，他说，别问这个了，旧社会徒弟打师父有的是。那么马季到底打没打过侯宝林呢？马季说：“我觉得没有这些，就没有生活；没有这些误会，没有挨骂，没有谣言，就前进不得，任何人都是。”

　　风波四：“春节阴影”

　　马季最近一次上春节晚会是1995年，之后便退出春晚。在接受记者采访时，他才透露原因，其中重要的一条，是他对电视台的某些做法有不同意见而同有关人员产生了分歧。“有一年，我的一个讽刺作品通过机关人员在厕所里发生的种种事情来讽刺机关单位人浮于事，但后来，有领导发话了，你这讲厕所的事，不卫生不文明，是不是改为盥洗室呀？我没改，结果就毙了。”

　　此外，马季对一些人遇事推诿责任也表示出不满。有一年，马季等人在工体主持一台晚会，陈冲上台张口就是“你们中国……”这让领导“龙颜大怒”，事后追问是谁让她上台的，当时是通过主持人马季之口被邀上台，马季申辩：他完全是按导演准备的台词主持的，导演当时也承担了责任。可没想到，在后来给上级的调查报告中，这责任全归在了马季的身上，这给马季心中留下了阴影。据生活报